武汉病毒所建立研究活细胞内蛋白质互作的新方法
蛋白质之间的相互作用对生命活动至关重要。尽管已有不少体内研究蛋白互作的方法,但由于许多蛋白互作是高度动态的,因此用传统的方法难以捕获。该研究基于“招募”和“聚集”的原理,即将“诱饵”蛋白A锚定在线粒体的外膜上......点击评论分享到:请扫描下面的二维码进行分享新闻标题...
解密蛋白质互作网络的关键方法:深入解析GST Pull-Do
蛋白质互作网络是由大量蛋白质相互作用所构成的复杂网络。GSTPull-Down实验被广泛应用于研究蛋白质互作网络中的关键节点和功能模块。通过这种实验方法,可以筛选和鉴定与目标蛋白特异性结合的互作伙伴,从而揭示蛋白质相互作用的动态调控机制。此外,GSTPull-Down实验还可用于研究蛋白质复合物的组成和结构,以及信号传导通路...
...广州实验室徐涛院士团队提出研究细胞器互作位点蛋白质组的新方法
其原理在于:绿色荧光蛋白GFP被分为两个互补片段,分别定位到不同的细胞器膜上,在二者的接触位点,两个片段即可靠近并形成完整的GFP蛋白,指示互作位点。随后,利用GFP纳米抗体(nanobody)和完整GFP蛋白之间的结合将APEX2蛋白招募到互作位点,标记相邻的蛋白质。BiFCPL技术既能发挥双分子荧光互补技术灵敏、简便和可视化的优势...
广州实验室徐涛院士团队iScience:研究细胞器互作位点蛋白质组的新...
其原理在于:绿色荧光蛋白GFP被分为两个互补片段,分别定位到不同的细胞器膜上,在二者的接触位点,两个片段即可靠近并形成完整的GFP蛋白,指示互作位点。随后,利用GFP纳米抗体(nanobody)和完整GFP蛋白之间的结合将APEX2蛋白招募到互作位点,标记相邻的蛋白质。BiFCPL技术既能发挥双分子荧光互补技术灵敏、简便和可视化的优势...
...研究成果:利用深度学习方法揭秘疾病突变对蛋白质互作影响及其...
蛋白相互作用界面(PPIInterface)可以反应蛋白质复合体的结合情况。有趣的是,尽管蛋白交互作用界面的信息并没有被输入MIPPI模型,在对Transformer层中注意力头(AttentionHead)输出可视化的过程中,高权重的输出比低权重更倾向于富集在互作区域(统计性显著)。这说明MIPPI模型学习到对预测有帮助的功能区域,充分体现了整体...
《自然》子刊:上海药物所新研究,带来研究蛋白质互作全新工具
在该项研究中,科研团队利用前期开发的PANAC光点击化学,发展了一种在活细胞内直接捕捉“修饰调控酶—底物”相互作用的时空可分辨解析新方法,为蛋白质相互作用和蛋白质翻译后修饰研究提供了新工具(www.e993.com)2024年7月10日。蛋白质修饰调控酶影响诸多蛋白质功能并参与系列生物学过程,精确解析“修饰调控酶—底物”的动态互作对于深入理解蛋白质功能...
探索蛋白质组的研究方法和技术有哪些?
液相色谱是一种常用的蛋白质纯化方法,包括离子交换色谱、亲和色谱、逆相色谱等。液相色谱能够根据蛋白质的特性选择性地分离和富集目标蛋白质。二、蛋白质的鉴定和定量方法:1.质谱分析:2.免疫分析:免疫分析是一种常用的蛋白质定量方法,包括酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫印迹等。通过与特异性抗体的结合来测量目标...
三π连发!“人体蛋白质组导航”国际大科学计划又有新进展
未来在π-HuB计划的支持下,将持续提升软件各方面的性能,并不断融合团队之前研发的系列知识库,包括自免疫抗原知识库、药物-靶蛋白互作数据库、癌症用药响应基因特征数据库以及癌症治疗基因扰动信号数据库等,以解析人体的构造原理与演变规律为目标,建设一条智能引领的自动化、工业化的蛋白质组知识挖掘高速公路。国际大...
Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具
蛋白质生物学功能的绝大部分都是通过和其它蛋白质的相互作用来实现。因此,蛋白质-蛋白质相互作用(简称‘蛋白质互作’)在生命功能的实现以及生物的进化过程中都扮演极其重要的角色。例如,抗体和抗原蛋白的相互作用,帮助生命个体识别和抵御外界病原体的入侵;受体和配体蛋白的相互作用,触发细胞信号传导通路;酶蛋白和底物的...
史上最高互作强度,华盛顿大学David Baker团队用AI工具产生蛋白质
螺旋肽可以很容易地结合形成卷曲的线圈组件,并且这一原理已被用来设计钙调蛋白肽的结合剂,但由于大量暴露的疏水表面,卷曲螺旋亚基通常在没有结合伴侣的情况下自缔合,从而大大降低了有效的靶标结合亲和力。第二,肽具有较少的相互作用残基,并且在分离时通常部分或完全非结构化。因此,将肽构建成特定构象可能会产生熵...