高分辨率空间组学国产技术平替,就找德运康瑞 SEERNA@ ISS产品解决...
德运康瑞致力于空间组学技术的国产创新,在空间组学领域及其临床转化上处于行业领军地位。公司拥有领域内全球技术发明人级别的资深科学家,在国内率先推出具有亚细胞分辨率的空间原位测序(ISS)技术,并与多家顶尖医院临床转化合作,有望成为革命性的临床病理工具。公司自研DynaSpatial空间转录组系列商业化产品,通过高密度创新修饰...
中国科大实现多种空间转录组分析算法的系统性评估
然而,现有的空间转录组学技术存在两个不足:1.基于测序的空间转录组技术无法实现真正意义上的单细胞分辨率;2.基于成像空间转录组的技术能检测到的基因通量有限。为了突破技术的局限性,生物信息学家设计了多种算法整合空间转录组与单细胞转录组数据,预测细胞类型的空间分布和/或单个细胞的完整转录组信息。这些算法大大加...
Nature Methods特刊评论:用人工智能之“钥”,开空间组学之“锁”
我们认为,空间转录组学中的空白可以通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据来填补,后者提供了细胞水平上的全转录组测量值,但缺乏空间环境。可通过整合方式有效利用单细胞数据集,具体而言,可以通过使用空间组数据训练深度学习模型,来推断配对的scRNA-seq数据集中细胞的空间坐标,进而使用加工过后的“伪空转数据”完成整合[4]。...
Nature Genetics | 高通量空间转录组技术推动器官发生研究:MAGIC...
测序深度和基因数量的饱和曲线:图d展示了不同空间转录组方法在不同测序深度下检测到的基因数量饱和曲线,MAGIC-seq在同等测序深度下检测到的基因数量明显高于其他方法,显示出其更高的测序效率。采集面积和成本的比较:图e和图f展示了MAGIC-seq与其他方法在采集面积、采集点数量和每个采集点的成本方面的比较,MAGIC-seq...
系统学习单细胞多组学、空间转录组和机器学习单细胞分析应用线上...
2,从生信零基础开始到单细胞基础和高阶课程,最后到空间转录组和单细胞机器学习应用逐步提高,3,系统学学习,一次学到位,包教包会,4,连续一个月紧凑学习,精细化讲解将单细胞内容全部学懂、学会、学透彻、学以致用,5,了解单细胞测序基本概念及原理、测序分析的常用软件、测序数据的下载方法和研究思路、学会用...
墨卓生物携手行业先锋,共绘单细胞空间组学技术发展蓝图
为深入探索前列腺癌微环境,研究团队利用单细胞测序技术划分出前列腺肿瘤微环境中的九个细胞亚群,并结合空间转录组优势,揭示细胞间空间关系(www.e993.com)2024年9月30日。研究发现特定细胞亚群与前列腺癌进展紧密相关,且前列腺癌相关CAFs具有相对的组织特异性。此外,约三分之一至四成前列腺癌患者免疫细胞浸润丰富,特别是T细胞。在最近的研究中,团队...
【快讯】微驭万物-单细胞空间组学技术前沿与临床应用研讨会在上海...
单细胞空间转录组的优点,是在单细胞测序的基础上加上空间位置信息,可以清晰的辨别细胞--细胞在空间位置上的关系。单细胞测序的缺点,是丢失了其空间信息,无法直观的了解癌细胞和基质细胞的空间上的相互作用。团队设计了和前列腺癌微环境相关的研究。通过单细胞测序,将前列腺肿瘤微环境中细胞,划分为9个细胞亚群。拟...
卵巢衰老的秘密,你知道么?Nature子刊揭秘|人卵巢衰老的时空转录组...
图1:人类卵巢细胞的单细胞转录组分析和空间定位研究团队首先通过单细胞RNA测序鉴定了八种主要的卵巢细胞类型(图1b):颗粒细胞(GC)、卵母细胞、膜和间质(T&S)细胞、平滑肌细胞、内皮细胞、单核细胞、NK细胞以及T细胞,其中T&S细胞最为丰富。随后,将单细胞测序数据与通过空间转录组数据整合,成功地定位了这些细胞在卵...
车璇/高绍荣团队合作通过单细胞RNA测序结合空间转录组学技术破译...
通过单细胞RNA测序和空间转录组分析,鉴定了15种细胞类型,揭示了子宫腺肌病子宫不同区域的细胞异质性,特别是子宫内膜肌层交界区的细胞亚群。研究发现,LGR5+细胞在子宫腺肌病病灶中的上皮细胞中显著富集,LGR5是已知的成体干细胞标记物,其在LGR5/WNT信号通路中的作用对于维持组织的正常生理功能至关重要。这一发现...
用单细胞与空间转录组测序技术解析膝关节骨性关节炎软骨细胞异质
关节骨性关节炎患者和正常对照软骨细胞的空间不同分层细胞景观,研究人员接着对4例骨关节炎患者中WB与NWB,以及1例正常对照样本膝关节软骨进行了空间转录组测序(Geo-seq)数据分析,即对软骨组织中的软骨膜(AS)、表层(SZ)、中层(MZ)及深层(DZ)的软骨细胞进行测序分析,构建了KOA患者与正常对照膝关节软骨的空间转录组...