超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用
该研究在AlphaFold2的基础上推出了AlphaFold3,能够以前所未有的准确度预测所有生命分子的结构和相互作用(包括蛋白质、核酸、小分子、离子)。在蛋白质-配体相互作用方面的预测精度远高于当前最先进的分子对接工具,在蛋白质-核酸相互作用方面的预测精度远高于专门针对核酸的预测工具,在抗体-抗原相互作用方面的预测精度也显著...
...3来了!超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用
该研究在AlphaFold2的基础上推出了AlphaFold3,能够以前所未有的准确度预测所有生命分子的结构和相互作用(包括蛋白质、核酸、小分子、离子)。在蛋白质-配体相互作用方面的预测精度远高于当前最先进的分子对接工具,在蛋白质-核酸相互作用方面的预测精度远高于专门针对核酸的预测工具,在抗体-抗原相互作用方面的预测精度也显著...
科学家开发非天然氨基酸eFSY,能在活细胞中鉴定蛋白质相互作用
能在活细胞中以原位方式捕获蛋白质之间较弱的、瞬时相互作用;能区分直接蛋白质与间接蛋白质相互作用;能鉴定蛋白质相互作用的界面;能提高蛋白质相互作用鉴定的灵敏度;能鉴定出在其它技术中丢失的、或未被鉴定出的蛋白质相互作用。例如,亲和纯化结合质谱鉴定技术是鉴定蛋白质相互作用的常用技术之一。但是,该技术...
David Baker任科学顾问,初创公司发布世界最大蛋白质相互作用数据...
蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-ProteinInteractions,PPI)是细胞生命活动的重要组成部分,在调控和维持细胞的生理功能中(如细胞的信号传导、代谢反应和基因表达)发挥着不可或缺的作用。然而目前PPl数据库中的数据相对较少,最新的结合亲和数据集(PDBbind+)只有3,176个数据。DynoTherapeutics的高级机器...
哈尔滨商业大学辛嘉英教授等:酚酸与蛋白质和碳水化合物相互作用
蛋白质与酚酸之间的非共价相互作用通常是可逆的,可以通过多种机制实现,如氢键、静电相互作用、范德华力、疏水相互作用等。表1列出了蛋白质和酚酸以不同作用力实现的非共价相互作用。非共价相互作用非常不稳定,尤其依赖于pH值、离子强度和温度。低、中性的pH值有利于非共价键的形成。非共价相互作用具有操作简单、反应...
新AI模型可大幅提高化合物-蛋白质相互作用预测可靠性—新闻—科学网
对化合物和蛋白质之间的相互作用进行建模,是药物发现的基础(www.e993.com)2024年10月16日。目前,研究人员可以利用不同的生物数据,从多种研究视角构建化合物-蛋白质相互作图谱。其中,微扰转录组学联系起了化合物和组学数据之间的联系,提供了化合物微扰受试体(单细胞、细胞系、病人)后产生的直观微扰结果,为解耦CPI提供了全新的视角。然而,CPI通常不...
打破AlphaFold大模型局限,世界最大蛋白质相互作用数据集AlphaSeq...
出乎意料的是,AlphaSeq的原理是利用了酵母细胞的配对过程。酵母细胞由两种类型的配子:MATa和MATα,它们在自然界中能够寻找到彼此并融合成为二倍体细胞。这个过程就是由MATa细胞上的Aga2蛋白和MATα细胞上的Sag1蛋白所介导的。当这些蛋白质相互作用时,它们会导致细胞粘在一起,促进配对并形成二倍体细胞。
...Methods | 突破传统方法:DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互作用研究
DeepPBS提供了一种基础,用于机器辅助研究,进而推动我们对分子相互作用的理解,并指导实验设计和合成生物学研究。转录因子在各种调控功能中起着关键作用,因此,了解蛋白质如何靶向特定DNA序列的机制至关重要。蛋白质-DNA结构通常通过X射线晶体学、核磁共振光谱或冷冻电子显微镜实验获得,并存储在蛋白质数据银行(PDB)中...
瑞士公司Invasight开发蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂
F2i是同类首创非激酶小分子蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂。传统FGF抑制剂主要针对FGFR的直接或间接小分子激酶,但这种抑制FGF信号传导的方式会导致耐药性和脱靶相关的副作用和毒性。与传统的FGFR激酶抑制剂不同,F2i不靶向或结合任何FGFR,而是通过结合FGF信号下游的独家衔接蛋白,抑制促侵袭性FGF信号,进而阻止FGF信号通路...
谷歌DeepMind 发布 AlphaFold 3:可预测药物如何与蛋白质相互作用
科学家和医学专家希望借助AlphaFold3,深入研究抗体和药物的相互作用,寻找更好的治疗方法。DeepMind创始人兼首席执行官DemisHassabis表示,该项目为研究人员提供了一套比较完整的“工具集”,不仅大幅提高研发新药物的速度,而且可以改变人类对生物世界的理解。