Nat Commun|空间转录组学和单细胞多组学整合分析构建人类胸腺细胞...

研究人员对16个胸腺样本进行了单细胞转录组测序,包括产前(4个样本)、儿童(8个样本)、成人(2个样本)和老年(2个样本)阶段(图1a,b)。经过质量控制、整合、主成分分析(PCA)和无监督聚类后,利用典型标记,将聚集的细胞预先注释为六大谱系,即红系(Ery)细胞(HBG1和HBG2)、B细胞(CD79A和CD19)、浆细胞(IGHG1和IG...

肺发育的奥秘,快来了解下吧!Cell Research,单细胞RNA测序解锁肺...

单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的问世改变了这一局面,它使研究人员得以前所未有的精度观察细胞内部活动,尤其是那些在早期发育阶段发生的变化。此外,空间转录组技术进一步增强了研究能力,它能够在保持细胞空间位置的同时分析其基因表达情况,这对于理解器官发育过程中细胞间的相互作用至关重要。值得注意的是,此前对于早...

【单细胞测序系列】只做转录组不做蛋白组,意义少一半?

(A)树突状细胞(DC)、经典单核细胞(CM)、自然杀伤(NK)细胞、自然杀伤T细胞(NKT)、辅助T细胞1和辅助T细胞2中特定标志物的高表达是健康个体中细胞身份标志物和辅助受体表面标志物表达升高的主要原因,如图右侧突出显示。(B)细胞类型包括CD4+T效应记忆细胞、经典开关记忆B(CSMB)细...

用单细胞与空间转录组测序技术解析膝关节骨性关节炎软骨细胞异质

WB)与非承重区(轻度磨损区域,NWB),以及3例正常对照个体膝关节软骨进行了scRNA-seq单细胞转录组测序(10XGenomics)分析,研究发现前肥大软骨细胞(preHTC)、纤维软骨性软骨细胞(FC)、稳态性软骨细胞(HomC)在患者与正常软骨中存在丰度差异性。

Nature Methods | 精准基因比对新突破:Genes2Genes框架助力单细胞...

单细胞转录组轨迹比对的概念和方法(Credit:NatureMethods)单细胞轨迹的比对原理:该图概述了将参考轨迹和查询轨迹(如体内细胞发育与体外细胞分化)进行比对的流程,展示了如何通过比对捕捉匹配和不匹配的基因表达状态。图中演示了在对照组和药物处理组、体外和体内细胞分化过程中的轨迹比对方法。

Sci Adv:单细胞RNA测序和空间转录组学绘制金鱼端脑细胞类型图谱

单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够完全基于全基因组基因表达谱(转录组)来比较不同物种间特定组织细胞类型的分子相似性和差异(www.e993.com)2024年11月15日。而空间转录组(ST)可以保留mRNA分子在组织中的位置信息,并实现基因谱的空间定位。本研究结合这两种技术,生成了金鱼端脑的空间注释细胞类型图谱(图1A)。

安徽农大张照亮团队首次报道木本植物根系单细胞转录组图谱

欧易生物提供10×Genomics单细胞转录组测序服务。发表期刊：eLife影响因子：7.7涉及的欧易生物服务产品：10×Genomics单细胞转录组测序单细胞样本情况：茶树（Camelliasinensisvar.sinensiscv.Shuchazao）根尖区1.茶树根细胞簇的scRNA-seq鉴定茶树根系可以合成和积累大量的茶氨酸（图1A和1B)。茶树根的细胞...

单细胞测序系统一站式解决方案——走访新格元生物

GEXSCOPE??单细胞分离原理从科研定制化到精准医疗突破单细胞技术通量、成本和周期上的瓶颈后,新格元致力于提供定制化服务,通过改变芯片孔径大小、设计特异标签,满足客户更大细胞、更多样的实验需求,其FocuSCOPE??靶向高通量单细胞测序可在获得单细胞转录信息的同时获得靶基因突变信息。“科研的需求是多样的,我们会根据...

Nat Methods | 基于测序的11种空间转录组学方法的系统比较

单细胞转录组测序(scRNA-seq)在剖析细胞异质性方面发挥了重要作用,目前已被作为研究关键生物医学难题的重要手段。但scRNA-seq在获取组织结构、细胞相互作用和功能状态所必需的空间背景方面仍存在不足。为了解决这一挑战,空间转录组技术(Spatialtranscriptomics,sST)应运而生,现在已经成为一种关键的补充方法,其可以在...

【CSCB2024】分会场回顾之重大疾病单细胞转录组与空间转录组分会场

肝脏是哺乳动物中再生能力最强的器官,但目前缺乏在脂肪肝等病理条件下肝脏再生的功能研究。魏绪勇医师团队对脂肪肝小鼠模型进行肝切除并刺激再生后,进行了单细胞转录组和空间转录组测序,描绘了脂肪肝部分切除后肝脏再生细胞亚群的时空表达图谱。最后,来自中国科学院动物研究所的冯桂海研究员同样就肝脏再生的调控机制研究...