超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用
AlphaFold3能够通过对药物分子(例如与蛋白质结合的配体和抗体)的预测,为药物设计赋能,从而改变人类健康和疾病过程中蛋白质的相互作用方式。AlphaFold3在预测药物相互作用方面达到了前所未有的准确度,包括蛋白质与配体的结合以及抗体与靶蛋白的结合。AlphaFold3在不使用任何结构信息的情况下,比最好的传统方法在PoseBusters...
...突破性的细胞间蛋白靶点发现平台,开发蛋白质-蛋白质相互作用...
F2i是同类首创非激酶小分子蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂。传统FGF抑制剂主要针对FGFR的直接或间接小分子激酶,但这种抑制FGF信号传导的方式会导致耐药性和脱靶相关的副作用和毒性。与传统的FGFR激酶抑制剂不同,F2i不靶向或结合任何FGFR,而是通过结合FGF信号下游的独家衔接蛋白,抑制促侵袭性FGF信号,进而阻止FGF信号通路...
打破AlphaFold大模型局限,世界最大蛋白质相互作用数据集AlphaSeq...
当这些蛋白质相互作用时,它们会导致细胞粘在一起,促进配对并形成二倍体细胞。AlphaSeq正是利用了这个自然过程。研究人员对酵母细胞进行基因改造,让相关的蛋白质暴露在细胞表面,MATa细胞搭载一组蛋白质,而MATα细胞搭载另一组蛋白质。将改造过的细胞进行混合时,它们配对的可能性就取决于表面蛋白质相互作用的强度。
AI+合成生物学,世界最大蛋白质相互作用数据库!
与抑制蛋白质功能的传统药物不同,分子胶的工作原理诱导或增强两种蛋白质之间的相互作用,导致靶蛋白降解。因此开发分子胶药物的一大痛点在于能够测量靶点和连接酶之间的相互作用。而AlphaSeq非常适合通过发现和表征E3泛素连接酶与靶蛋白之间的弱相互作用来发现分子胶的新靶标。在DynoTherapeutics的高级机器学习工程师...
科学家实现左右异向蛋白质-蛋白质相互作用的精确从头设计
据了解,选择性地与天然L-蛋白结合的非生物D-蛋白已引起生物技术的极大兴趣。然而,制约这种左右异向蛋白-蛋白相互作用的基本结构原理在很大程度上仍不为人所知。附:英文原文Title:Accuratedenovodesignofheterochiralprotein–proteininteractions
...Methods | 突破传统方法:DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互作用研究
DeepPBS可以应用于实验或预测结构,提取残基的可解释蛋白质原子重要性评分,并通过突变实验验证这些评分(www.e993.com)2024年11月3日。转录因子在各种调控功能中起着关键作用,因此,了解蛋白质如何靶向特定DNA序列的机制至关重要。研究发现,结合机制包括精确的静电相互作用、脱氧核糖-苯丙氨酸堆叠、鸟嘌呤和精氨酸在大沟中的双齿氢键等。蛋白质-DNA...
Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
我们会举例说明RNA-seq在RNA生物学关键研究中的应用,包括转录和翻译的动力学分析,RNA结构,RNA-RNA和RNA-蛋白质间相互作用等。最后我们小小地展望一下RNA-seq的未来,如单细胞和空间转录组是否也会是以后的常规分析,在什么情况下longreads会替代shortreadsRNA-seq。不过篇幅有限,本文对RNA-seq分析还是有照顾不到...
Trends in Neurosci综述:张振涛团队总结蛋白质相互作用调控α...
α-Syn可以与细胞内其他蛋白质发生多样且复杂的相互作用,形成具有不同结构和毒性的毒株(Strain),导致不同的疾病表型。因此,蛋白间相互作用的多样性以及“交叉接种”可能是导致疾病异质性的重要原因。3α-Syn与微生物蛋白质的相互作用某些微生物蛋白能够在特定条件下形成聚集体,包括大肠杆菌的Curli、酵母菌淀粉样...
Nature Methods | 解码RNA与蛋白质相互作用的新视角:TREX技术的突破
01RNA与蛋白质相互作用是调控基因表达的重要机制之一,影响细胞的命运和生理状态。02TREX技术是一种创新的实验方法,能够精确识别出与特定RNA区域相互作用的蛋白质。03TREX技术具有高特异性、高灵敏度和操作简便等优势,可应用于不同细胞类型和疾病研究。
仅根据蛋白质序列便可预测相互作用界面,一种基于Transformer的...
蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)对于生物过程至关重要,预测这些相互作用的位点对于计算和实验应用都很重要。杜克大学(DukeUniversity)和康奈尔大学(CornellUniversity)的研究人员提出了一种与结构无关的语言Transformer和肽优先级(Structure-agnosticLanguageTransformerandPeptidePrioritization,SaLT&PepPr)管线,用于仅根...