TMT定量蛋白质组学:从多样本比较到差异蛋白筛选的关键步骤
差异蛋白筛选是TMT定量蛋白质组学的核心分析步骤,可以通过比较不同样本间的蛋白质表达水平,找出差异显著的蛋白质。最后,对差异蛋白进行功能注释和通路分析,揭示其在生物学过程中的重要作用。四、TMT定量蛋白质组学的应用前景TMT定量蛋白质组学在生物医学研究和药物开发中具有广泛的应用前景。它可以用于疾病标志物的发...
蛋白组学如何筛选差异蛋白:关键步骤和技术选择
预处理步骤如去除低丰度蛋白、富集特定类型蛋白等,可以提高差异蛋白的检测灵敏度。二、蛋白质分离蛋白质分离是差异蛋白组学中的关键步骤,用于降低样本复杂性并寻找差异蛋白。常用的分离技术包括凝胶电泳、液相色谱等。凝胶电泳技术如二维凝胶电泳(2-DE)可以将蛋白质按照分子量和等电点进行分离。液相色谱技术如离子交换...
超声波细胞破碎仪(粉碎机)科普和在蛋白质组学研究中的应用
在蛋白质工程中,研究人员可以使用该仪器破碎重组蛋白的表达细胞,为蛋白质的分离和纯化提供便利。综上所述,超声波细胞破碎仪作为一种、快速的样品处理工具,在生物学、医学和生物工程领域中有着广泛的应用。通过在蛋白质组学、基因组学、免疫学、药物发现和筛选以及生物工程等方面的实验应用,超声波细胞破碎仪为科学研...
上中医张宏团队: 网药联手血清药物化学+蛋白组学,解锁中药治疗...
蛋白质组学分析表明,CCMH处理SGC7901细胞后,差异表达蛋白明显富集于PI3K/Akt和MAPK信号通路,而这两条信号通路与细胞增殖和凋亡密切相关。因此,进一步用蛋白质印迹法检测这两条通路的关键蛋白表达。CCMH处理显著下调了两个胃癌细胞株中PI3K110α、Akt和C-myc的表达(图7E-H)。同时,CCMH处理SGC7901和MGC803细胞24...
Seer 公司 Max Mahoney:高深度无偏蛋白质组学新技术,开启肿瘤早筛...
通过Seer与应脉的合作,无偏发现蛋白质组学领域的样本数量将持续提升。也许几年之后再回看现在,5,000都显得微不足道。通过赋能以Seer为代表的核心技术,结合后端的质谱检测设备,样本数量会持续增长。而且不仅仅是蛋白质组,像蛋白质存在形式,蛋白质的翻译后修饰,蛋白质间相互作用等其它类型的样本数量都会进一步增长。
Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...
然而,这两种方法在基因功能注释方面都有相同的主要局限性,即依靠与参考蛋白质数据库(如COG、Pfam和KEGGOrthology)的同源性搜索来预测功能(www.e993.com)2024年9月7日。因此,在组装的宏基因组数据中预测出的基因如果没有映射到参考蛋白家族,通常就会被忽略,并从后续的比较分析中剔除。为了消除这种对参考数据集的依赖,并估算出未探索的功能多...
宁夏大学刘敦华教授等:枸杞果实生长发育过程中寡糖代谢的蛋白组学
通过iTRAQ定量蛋白组学技术,从生物过程、分子功能和细胞组成3个方面分析在GO数据库中所筛选到的差异蛋白,进而做更准确的功能注释。如图2所示,通过GO功能注释,分别筛选出枸杞生长过程中5个时期与寡糖合成代谢相关的差异蛋白共461种。随着果实的不断发育成熟,与寡糖合成相关的蛋白质在数量和丰度均有显著变化,上调...
【西部策略&化工】策略对话化工:合成生物步入“1-n”新阶段,看好...
2)氨基酸和替代蛋白领域替代蛋白具备绿色、低成本优势,当前仍处于发展初期。全球人口的增长推动蛋白质需求提升,而传统养殖业受到土地和气候的限制,蛋白质供应有所限制。微生物蛋白较传统养殖业生产的蛋白具有生长参数稳定、培养基物质高效利用、不需要杀虫剂或抗生素等优势,有望填平该供给缺口。目前规模化产品大多以真菌...
难题不再难|微量样本外泌体提纯利器EXODUS
图4:细胞外囊泡亚群分离原理及鉴定结果2.泪液细胞外囊泡不同亚型蛋白质组学检测与分析通过对38名健康受试者眼泪中EV亚群的全面蛋白质组学分析,分别从sEV、mEV和lEV组分中鉴定了1815、1829和1892种蛋白质,其中1470种蛋白质是可量化的。不出所料,在所有三个EV亚组中都发现了与囊泡介导的转运相关的蛋白质富集...
临床样本+代谢组学2区案例!河南中医大揭示中药治疗慢性阻塞性肺...
如图2C、E和图3C、E所示,各组治疗前后血清样品分离明显。我们使用置换检验进一步验证了PLSDA模型,结果表明置换检验的Q2截距均小于零,表明PLS-DA模型是有效和可靠的,没有过拟合(图2D,F;图3D,F)。根据VIP≥1.00的标准,PH组筛选出131种差异化合物(ESI+)和37种差异产物(ESI-),而PD组在治疗前后分别有95种不同...