中国科大在基于深度生成模型的功能蛋白质设计方面取得新进展

PocketGen可以基于蛋白质框架和结合小分子生成蛋白质口袋序列和结构(图1a)。PocketGen主要由两部分组成。第一部分为双层图Transformer编码器(图1b):该模型受蛋白质固有的层级结构启发,包括氨基酸层级编码器和原子层级编码器,学习不同细粒度的相互作用信息,并更新氨基酸/原子表示和坐标。第二部分为蛋白质预训练语言模型(...

图神经网络在欺诈检测与蛋白质功能预测中的应用概述

金融交易网络和蛋白质结构存在共同特征:它们在欧几里得(x,y)空间中难以建模,需要通过复杂、大规模且异构的图结构进行精确编码和表征。图是表示关系数据的自然结构范式,特别是在金融网络和蛋白质结构等领域。这类图能够捕捉实体间的复杂关系和交互模式,例如金融系统中的账户间交易或蛋白质中氨基酸的空间连接与相互作用。

统计物理视角下的 AlphaFold 与蛋白质组研究|周二直播·生命复杂...

这种方法利用局部能量阻挫来量化变构蛋白的能量景观特征,从而能够成功预测替代结构和变构转变的途径。这种方法不仅帮助我们理解AlphaFold的工作原理,也为蛋白质动力学研究提供了新的视角。[2]这些将统计物理方法与现代生命科学研究相结合的范式,不仅加深了我们对生命系统的理解,也开辟了研究复杂生物系统的新途径。展望...

漆酶/咖啡酸催化的交联偶联半乳甘露聚糖改变卵清蛋白的构象结构

在最近的过去,酶交联技术被用来减轻食物蛋白质的致敏性,通过分子内或分子间共价键合并蛋白质分子,导致交联的高分子量过敏原聚合物。酶交联有可能改变蛋白质的构象结构、结合表位、功能特性、电荷部分和分子量,并随后导致抗原性和IgE结合电位的降低。漆酶(Lac)通过单电子去除机制催化酪氨酸侧链氧化,显示出作为一种新型...

中国农业科学院植物蛋白结构与功能调控创新团队探明了不同来源...

“构效关系”研究结果表明,蛋白质必须具有一定的柔韧性和表面疏水性,才能迅速附着在空气-水界面上,进而形成稳定的泡沫结构。上述研究有助于筛选适用于食品工业的植物蛋白发泡剂,为进一步开发和拓展植物蛋白基新产品提供理论基础。原文链接:httpsdoi/10.1016/j.foodchem.2024.141431...

物理生物能量学:非平衡物理学、能量代谢与细胞生物学的新交叉

细胞能量成本包括生物合成[72]、信号传导[23、24、73、74]、维持化学梯度[75]、纠错[8、9]、运动性[75]、基因调控[76、77],和构建细胞结构,例如作为细胞骨架[22](www.e993.com)2024年11月29日。图3提供了三个有助于细胞能量收支的细胞过程示例:哺乳动物卵母细胞中的纺锤体自组织和染色体分离、生长细胞中的蛋白质合成和趋化性大肠杆菌中的...

Nature史上最强突破!知名农大课题组再度刷新记录,植物科学研究...

AI蛋白质设计:可以帮助解决许多问题,包括设计具有功能的新蛋白质,包括基于蛋白质的药物、酶等。研究人员表示,AI深度学习网络极大简化了蛋白质的设计。任何时候,AI得出的新蛋白质结构完全是计算机‘构想’出来的。基于机器学习的方法能够快速创建具有多样结构和功能的生物分子,这些分子通常与任何已知蛋白质没有可检测的序列...

讲座预告:植物蛋白的结构功能构效关系及应用开发

报告题目:植物蛋白的结构功能构效关系及应用开发报告人简介:陈凌云,加拿大阿尔伯塔大学教授(加拿大首席科学家)。近五年主持并完成了包括加拿大首席科学家基金和加拿大国家自然科学基金在内的20项科研项目,课题经费400万加元;陈凌云教授对生物质大分子再生资源新材料及蛋白质聚多糖的研究工作已在国内外天然高分子领域形成较...

2025年浙江海洋大学硕士研究生招生考试初试338《生物化学》已发布

2)脂质:脂质的分类,脂肪、磷脂、糖脂、类固醇的基本结构及化学性质,脂质的提取、分离与分析基本方法。3)蛋白质:氨基酸的一般结构、分类与理化性质;氨基酸混合物分离纯化的一般原理与方法;蛋白质一级结构的特征;蛋白质的高级结构的分层与各层次高级结构的基本特征和类型;蛋白质结构与功能的关系;蛋白质分离纯化的基本方...

Nature Methods | 基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动...

这一平台不仅能帮助研究者深入理解变异如何影响蛋白质的结构与功能,还为设计治疗方法提供了关键的线索。例如,研究者可以通过该平台假设特定蛋白质的结构与功能关系,从而为自然或合成变异的分子表型提供见解。通过G2P平台,可以方便地检索并可视化基因-蛋白质的映射关系,并且能够将数据下载用于后续分析。这一工具为基因组...