IF: 50.5! NanoTemper 解密 Nature 顶刊蛋白质与核酸互作发文思路
对于分子互作亲和力的检测,Monolith系列仪器不依赖于分子量变化,蛋白用量少,是一种在溶液状态下表征分子互作的技术。对于蛋白可能需要形成多聚体,在溶液环境下,更能有效的体现蛋白与蛋白互作的真实情况。当蛋白质形成复合物后,进一步的功能探究,如蛋白复合物与核酸的相互作用,通过Monolith系列仪器进行的实验设计更为简便...
登Nature子刊,拓扑Transformer模型多尺度蛋白质-配体互作预测
元素相互作用,包括氢键、范德华力和π堆积,是蛋白质-配体复合物稳定性和特异性的基础。为了在元素层面分析这些相互作用,研究人员在拓扑序列嵌入中引入了元素特定分析。该方法根据蛋白质和配体中的常见重元素构建子超图,生成元素特定的拉普拉斯矩阵来编码复合物内的相互作用。该技术提取详细的物理和化学特征,增强了...
发掘蛋白质相互作用的宝藏:互作蛋白筛选的精准分析与应用
利用酵母细胞内的转录因子域结构,将目标蛋白与潜在互作蛋白的结合转化为报告基因表达的信号,从而筛选和鉴定互作蛋白。2.细胞内互作筛选法:通过基因编辑技术,将目标蛋白与潜在互作蛋白融合,观察融合蛋白在细胞内的相互作用和功能调控。3.体外互作筛选法:利用蛋白质纯化和结合实验,模拟体外条件下的蛋白质相互作用,通...
...广州实验室徐涛院士团队提出研究细胞器互作位点蛋白质组的新方法
其原理在于:绿色荧光蛋白GFP被分为两个互补片段,分别定位到不同的细胞器膜上,在二者的接触位点,两个片段即可靠近并形成完整的GFP蛋白,指示互作位点。随后,利用GFP纳米抗体(nanobody)和完整GFP蛋白之间的结合将APEX2蛋白招募到互作位点,标记相邻的蛋白质。BiFCPL技术既能发挥双分子荧光互补技术灵敏、简便和可视化的优势...
广州实验室徐涛院士团队iScience:研究细胞器互作位点蛋白质组的新...
其原理在于:绿色荧光蛋白GFP被分为两个互补片段,分别定位到不同的细胞器膜上,在二者的接触位点,两个片段即可靠近并形成完整的GFP蛋白,指示互作位点。随后,利用GFP纳米抗体(nanobody)和完整GFP蛋白之间的结合将APEX2蛋白招募到互作位点,标记相邻的蛋白质。BiFCPL技术既能发挥双分子荧光互补技术灵敏、简便和可视化的优势...
Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具
作者分析,DMFold-Multimer之所以能够产生高质量互作模型的原因主要在于两方面:一是DeepMSA2-Multimer使用了新颖的MSA构建、排序、配对和选择机制;二是DeepMSA2-Multimer使用了作者创建的一个包含约400亿个蛋白质序列的宏基因组数据库(www.e993.com)2024年7月10日。进一步地,DMFold-Multimer主要能够在两个方面提升蛋白质复合物的精度:一是提升组成蛋...
蛋白质互作质谱分析:从样本到结果的全面质谱分析蛋白
蛋白质互作质谱分析通常包括以下几个步骤:1.样品制备样品制备是蛋白质互作质谱分析的第一步。在这一步中,我们需要从细胞或组织中提取蛋白质,并对其进行纯化和富集。这可以通过一系列的化学和生物学方法来实现,例如离心、柱层析和电泳等。2.蛋白质消化...
案例分享 | Monolith分子互作仪助力蛋白质脂化修饰研究
研究团队建立了一个工程系统,用于将这些脂化模拟物整合到大肠杆菌和哺乳动物细胞中几乎任何所需的蛋白质位置。这项研究策略能够实现数百种蛋白质脂化的功能获得研究,促进了卓越治疗候选药物的创造。在该研究中,为了证明基因编码脂质模拟物在设计和合成治疗候选药物中的效用,研究人员使用Monolith分子互作仪检测了人血清白...
Nature Methods | 解码RNA与蛋白质相互作用的新视角:TREX技术的突破
揭示疾病分子机制:精确鉴定疾病状态下的RNA-蛋白质相互作用。发现生物标志物和治疗靶点:为疾病诊断和治疗提供新思路。TREX技术的操作难度和成本如何?相较于传统的RNA互作分析技术,TREX技术在操作上要求更高的精确性和专业知识,特别是在设计针对特定RNA区域的DNA探针和进行RNaseH介导的裂解过程中。然而,随着相关技术...
单分子蛋白质测序揭示蛋白质交互作用的动态过程
1.单分子蛋白质测序的原理和方法单分子蛋白质测序是一种直接观察单个蛋白质分子的方法。它通过使用显微镜技术或纳米技术,将蛋白质分子固定在基质上并观察其动态行为。常用的单分子蛋白质测序方法包括单分子荧光显微镜技术、原子力显微镜技术和纳米孔测序技术等。2.单分子蛋白质测序揭示蛋白质交互作用的动态过程单分子...