高分时刻!农大博士放出大招连发3篇Nature!
课程将涵盖机器学习技术在微生物数据分析中的应用,包括基因组序列分析、基因调控网络构建和多组学数据整合等,并带领学员们深度使用R语言,Python语言实地操作演示。讲师介绍深度学习蛋白质设计授课老师及团队来自于top2顶尖AI开发课题组,中科院,985高校计算生物学课题组。共发表JCIM,CIBM等权威计算期刊论文,生物学一区t...
R语言基于决策树的银行信贷风险预警模型
上述矩阵行表示真实值,列表示预测值,第一列和第一行代表不违约,第二列和第二行代表违约。假如该算法正确分类时,则没有分配代价。图6是加入代价矩阵的模型分类结果汇总。实际值预测值行合计不违约违约不违约76000.38077000.38515300违约10000.05037000.1854700列合计86001140020000表5相较于前面的结果,在加入代价矩阵后...
R语言k-Shape时间序列聚类方法对股票价格时间序列聚类|附代码数据
R语言对用电负荷时间序列数据进行K-medoids聚类建模和GAM回归R语言谱聚类、K-MEANS聚类分析非线性环状数据比较R语言实现k-means聚类优化的分层抽样(StratifiedSampling)分析各市镇的人口R语言聚类有效性:确定最优聚类数分析IRIS鸢尾花数据和可视化Python、R对小说进行文本挖掘和层次聚类可视化分析案例R语言k-means聚...
R语言马科维茨Markowitz均值-方差(风险投资模型)分析最优投资组合...
然后,计算X0数据集的行数,并加载了两个R包:fPortfolio和tseries。最后,根据随机选择的列索引,创建一个时间序列对象X,其中包含了X0数据集的选定列。X0=read.csv("sample2.csv")读取名为"sample2.csv"的CSV文件,并将其存储在X0变量中。该文件包含了用于后续操作的数据。nrow(X0)计算X0数据集的行...
R语言实战——线性回归分析和相关矩阵可视化
下面,我们介绍一种R语言中可视化相关性矩阵的方法(corrplot包)。1安装corrplot包install.packages(corrplot)library(corrplot)然后,我们使用R中的例子数据mtcars计算相关性矩阵。data(mtcars)mtcars1计算cor=cor(mtcars)1计算相关性矩阵corrplot(cor,method=circle,type=full,order=hclust)...
IF 21.1|基因组所刘永鑫/南农袁军发布微生物组R语言分析的最佳实践
R语言的功能在很大程度上依赖于数以千计的R包,它们提供了各种各样的数据处理和分析的策略,几乎允许在R中完成任何数据分析过程(www.e993.com)2024年10月26日。CRAN上发布的R包总数为18,981个,Bioconductor上发布的R包总数为2,183个(截至2023年1月31日)。这些程序包展示了R强大的数据处理和分析性能。
R语言实例操作分析GEO数据库甲基化芯片
dmpFinder函数,其参数设置如下,对于这些函数的设置在R软件中输入“?dmpFinder”,运行代码即跳转到参数设置页面,非常方便。打开文件夹,即可看见dmpDiff命名的甲基化位点的表格,而我们挑选的差异甲基化位点的值则是根据q-val<0.05来判定的。甲基化差异位点制作热图:这里是根据M值(甲基化的率)来做差异甲基化位点的热...
用R语言做数据分析——散点图矩阵
R语言至少有四种创建散点图矩阵的实用函数。pairs()函数可以创建基础的散点图矩阵,例如,我们创建一个包含mpg、disp、drat和wt四个变量的散点图矩阵:从图中可以看到所有指定变量间的二元关系。值得注意的是,主对角线的上方和下方的六福散点图是相同的。通过参数调整可以之战士下三角或者上三角的图形。例如,选项uppe...
Nature综述:国内顶尖课题组都在用,科研成果取得大的突破!
1.2小分子理化性质(如分子量、clogP等)计算1.3分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA等分子小分子化合物库2小分子数据库2.1DrugBank、ZINC、ChEMBL等数据库介绍及使用2.2天然产物、中药成分数据库介绍及使用第三天上午1.分子对接基础1.1分子对接原理...
大话RCT中的随机、分配隐藏、盲法:入门必读教程
举例:现有一个临床随机对照研究,想要分析干预A与干预B相比是否可以降低脓毒症患者的死亡率。经过样本量计算,拟纳入150例患者。(1)事先拟定150个研究对象序号;(2)生成150个随机数字;(3)规定入组标准,例如偶数入A组,奇数入B组。分配隐藏就是在整个研究过程中,研究实施人员无法预测或者得知下一个研究对象的入...