云南农业大学单细胞转录组测序、单细胞ATAC测序、转录组测序项目...
项目名称:云南农业大学单细胞转录组测序、单细胞ATAC测序、转录组测序项目采购方式:竞争性磋商预算金额:52.300000万元(人民币)最高限价(如有):52.300000万元(人民币)采购需求:单细胞转录组测序、单细胞ATAC测序、转录组测序。具体内容及要求详见采购文件“第三章”。合同履行期限:自接收样本后在180个工作日...
...序源获华大智造DNBelab C系列服务商认证,全面赋能单细胞测序服务
DNBelabC-TaiM4单细胞转录组测序流程图该仪器配备4个独立控制的微流控通路,同时兼容单细胞ATAC文库和3'RNA文库制备需求,支持1-4样本的灵活上样。DNBelabC-TaiM4小巧轻便、即开即用,支持单细胞多组学研究使用。DNBelabC-TaiM4单细胞液滴生成仪4其他单细胞平台除了DNBelabC-TaiM4平台,康圣序源...
...新一代Microwell-seq3.0平台用于单细胞总RNA和染色质可及性测序
单细胞染色质可及性分析(singlecellATAC-seq,scATAC-seq)和单细胞转录组(singlecellRNA-seq,scRNA-seq)测序是单细胞多组学中应用最广泛的两个组学技术。主流的微流控体系和微孔板体系为高通量的单细胞或单细胞核分离提供了有效的方案。但微流控平台的封闭特性使得单细胞分隔之后很难再对其进行多步加样或其他...
苗振等开发解决单细胞ATAC-seq定量不一致的新方法
因此,我们得出:scATAC-seq数据中的确存在定量信息,这些信息对于推断细胞的状态有重要帮助;同时,基于转座数量的计数方式并不能精确得提供定量信息。该文章提出了一种对单细胞ATAC-seq数据进行定量计数的新方法,PIC(pairedinsertioncount),作为一种一致性的计数方法,R包的链接在(httpsgithub/Zhen-Miao/PICs...
厦门大学郑世进教授课题组发表骨髓内疟色素沉积诱导训练免疫为...
ATAC测序结果进一步显示,疟原虫感染后,小鼠骨髓造血干细胞与髓系分化相关的转录因子结合显著上调。此外,单细胞转录组分析也显示髓系细胞的增加及相关转录因子的上调现象。以往的流行病学数据显示,疟原虫与其他细菌和病毒的共感染会加剧宿主的死亡。因此,研究者比较了小鼠在疟原虫感染后的两周(急性期)和六周(疟原虫已...
追问|如何老当益壮?科学家绘制迄今最完整肌肉衰老图谱
研究者们使用了多种指标评估了肌肉功能,并进行单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq)和单核ATAC测序(snATAC-seq)(www.e993.com)2024年11月18日。研究将这些信息分析整合,形成了迄今为止最完整的骨骼肌多模态单细胞图谱。该研究发现肌肉衰老过程中的多种细胞变化和调节机制。比如随着年龄的增长,具有爆发力的快速肌纤维会逐渐减少,...
Nature | 揭示肌肉老化的分子秘密:细胞间交流与干细胞在肌肉衰退...
染色质可及性测序(ATAC-seq)此外,研究中使用了单核ATAC测序(snATAC-seq)来评估基因表达调控区域的染色质开放性。这有助于理解转录调控网络如何随着年龄的增长而变化。数据处理和细胞分类原始测序数据经过过滤和比对到人类参考基因组。然后,研究者使用了多种生物信息学工具(如Seurat和Scanpy)进行数据标准化、降维...
年度盘点:2023年阿尔茨海默病研究初现曙光—新闻—科学网
2023年多项研究利用单核RNA测序(snRNA-seq)、单核ATAC测序(snATAC-seq)等组学技术,构建了迄今最全面的转录组学和表观基因组学图谱,以单细胞水平描述AD的进展,揭示了AD发生发展中特定细胞类型所涉及的机制,被Cell杂志誉为“2023年AD领域史诗级的研究”。
2023年David Baker团队连发5篇Nature和Science论文,开启AI蛋白质...
利用多组学数据,通过深度学习算法进行数据分析和挖掘,包括ChIP-seq,ATAC-seq,RNA-seq,CNV等01单细胞转录组与表观组课表预习资料《高通量测序技术原理》PPT《Linux操作系统与基本命令》PPT《单细胞组学技术发展进程和原理介绍》PPT《单细胞组学技术在科研中的应用:设计思路》PPT《单细胞组学和多组学整合...
【Cell Research】北大汤富酬团队:一种长读单细胞ATAC测序方法...
在目前的测序深度下,scNanoATAC-seq文库的成本不到每细胞2.5美元。由于在相同测序深度下,ONT((OxfordNanoporeTechnologies)测序的成本仍高于NGS平台的成本,所以需要根据不同需求来选择测序方法——通过更多片段以富集更强烈的表观遗传信号,或是通过长读方式来探测长读取特异性特征(例如结构变异SVs等)。