...与数据联合驱动的多物种生命基础大模型GeneCompass,解析基因...
进而,研究人员在ESC中分别过表达NR5A1和GATA4,免疫荧光结果表明,在人类ESC中单独过表达任一基因均可诱导性腺基因。综上所述,作为迄今为止最大规模的、具有知识嵌入的跨物种预训练生命基础大模型,GeneCompass可实现多个跨物种下游任务的迁移学习,并在细胞类型注释、定量基因扰动预测、药物敏感性分析等方面,相比...
从无数基因碎片中,寻找国人的“生命密码”
“‘尧都’不仅地理位置特殊,其基因的保守性在历史长河中也得以维持,对于追溯中国人的起源、基因变异、遗传多样性等具有较高的参考价值。”高占成说。“何忠与他的父母一样,是土生土长的“尧都”居民,且没有遗传或免疫疾病的记录。同时,我们经过测序得到,何忠的基因展现了东亚人群的典型特征,这对于研究中国人群的...
调控寿命的新基因被发现
调控寿命的新基因被发现近日,记者从西南大学获悉:该校资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室代方银教授团队发现了调控寿命的新基因OSER1,并在家蚕等多物种研究中揭示了其延缓衰老和延长寿命的保守性机制。相关研究成果近日在国际学术期刊《自然通讯》在线发表。代方银介绍,叉头框蛋白O是目前已确定的少数几个人类...
一谱识菌: MALDI-TOF MS 在病原微生物临床应用的专家共识
当首选靶基因分辨率不足(不止一个种超过阈值)时,需加测其他保守基因,具体可参照临床和实验室标准协会(ClinicalandLaboratoryStandardsInstitute,CLSI)MM18[??50??]??。基于测序技术的快速发展和成本的有效控制,亦可采用基因组测序技术实现不常见病原微生物的准确鉴定,基于基因组序列的平均核苷酸一致性分析,...
发布首个菊科多组学数据库平台AMIR
数据库搭建菊科植物首个“超级泛基因组”模块,使研究人员能够快速了解目标基因在菊科植物中的保守性和多样性,为作物分子育种提供了新的可能。此外,AMIR还引入了多种分析工具,包括基因同源搜索、基因表达差异分析和共表达网络分析等。这些工具帮助研究人员快速分析基因之间的关联,挖掘重要性状相关的候选基因,解读菊科植物中...
通过多种甘蓝黑腐病菌,研究其基因的克隆,与功能分析有何重要性
目前的研究发现胞外多糖相关基因的突变会导致病原菌的致病性丧失或降低,有时甚至影响菌体生长B4(www.e993.com)2024年10月17日。在Xcc中已经证实12个基因组成单一的操纵子是黄原胶生物合成的关键基因并且在菌株ATCC33913、8004和B100中该基因高度保守。但与其他测序的黄单胞菌相比存在显著差异,其中gumF、gumG、gumL或gumD失活,会一定程度地导致...
Nat Genet | 利用饱和基因组编辑分析抑癌基因BAP1编码序列中99%的...
基因架构和保守性的功能分析功能得分和FDR值用于将变异分类为功能类别。经过过滤步骤后,收集了18,108个独特变异的数据,并将变异分类:11,912个未变化,5,665个减少和531个增加。未变化的变异紧密围绕零功能得分,增加的变异得分略有增加,减少的变异表现出更广泛的得分分布(图3)。
2024诺贝尔生理学或医学奖 | microRNA:揭开细胞发育之谜
计算分析发现,lin-4microRNA与各种物种的核苷酸数据库中的序列进行匹配时,只在其他线虫中发现了匹配序列,如C.briggsae。一个关键问题随之而来:microRNA的存在是否仅是线虫特有的现象,还是它在整个动物王国中具有保守且广泛的功能?let-7microRNA的发现及其进化保守性...
广州健康院王杰课题组开发跨物种单细胞组学数据分析的新工具CACIMAR
针对以上问题,我院王杰课题组开发了新的R软件包CACIMAR,用于分析跨物种的单细胞转录组数据。CACIMAR的保守性分析主要包含三个步骤(图1)。第一步,CACIMAR基于每个物种内的单细胞聚类结果确定每个物种的细胞类型、标志基因、细胞内调控和细胞间相互作用。该策略不用进行跨物种的单细胞聚类,有效避免了跨物种的批次...
PRGdb:植物R基因数据库
尽管组学和生信领域取得了进展,但数据探索性分析仍然是一项繁琐的任务,使用生物信息学工具研究PRGs对科学界的很大一部分仍然具有挑战性。数据库PRGdb就是为填补这一空白开发的,可以为研究植物抗病过程中涉及PRGs的基因提供参考。PRGdb数据库PRGdb简要介绍新版本的植物抗性基因数据库(PRGdb;httpprgdb/prgdb4...