《食品科学》:宁夏大学李亚蕾教授等:牛HSPA6蛋白特性分析及蛋白...
牛HSPA6蛋白结构域、磷酸化位点及糖基化位点分析牛HSPA6蛋白包含N-端核苷酸结合域(NBD)和C-端底物结合域(SBD)两个重要且独立的结构域。NBD又称为ATP酶结构域,约44kDa,可以结合并水解ATP;SBD称为肽结合域,约28kDa,具有蛋白酶敏感位点的中间域和结合延伸的多肽。牛HSPA6蛋白的两个结构域可以进行变构耦合,...
.../林明焰/郭雪江/谭跃球团队系统绘制精子发生中的RNA结合蛋白景观
论文进一步展示了RNA结合蛋白在精子发生过程中的多层次动态性,涵盖了蛋白质组表达模式、蛋白质组-转录组同步/非同步性、相对RNA结合活性和核糖核蛋白(RNP)协同行为。接下来,研究团队用RBDmap方法进一步捕获睾丸RNA交联肽,用以筛选RNA结合结构域和非结构域元件,进而用多种方法对其普遍性、特性、功能等进行生物信息分析...
AlphaFold3迎来革命性进展!国内大佬手把手教授!|蛋白|蛋白质|多肽...
此次推出的AlphaFold3是一个强大的结构预测统一框架,涵盖了前所未有的广度和精确度,能够高准确性预测蛋白质与其他各种生物分子相互作用的结构。这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻...
FMD 通过对LU结构域蛋白家族的系统分析发现人类新基因LY6A编码...
在本研究中,作者基于对人和小鼠基因组中含有LU结构域的蛋白家族基因进行系统筛查和比较基因组学分析,发现人类基因组中存在一个新基因能够编码Ly-6A/Sca-1的直向同源蛋白,因此命名为LY6A。该基因之所以一直未被发现,是由于它与一个已知的长非编码RNA(lncRNA)基因反向重叠,而且其外显子大部分被该lncRNA反向互补,...
FIDA分子互作仪:带你复现Nature青睐蛋白质与核酸互作50分顶级发文...
图1.结构生长轨迹分析方法(左)和II-C型Cas9的生长轨迹图(右)通过生化实验和冷冻电镜解析复合体结构表明,来自金黄色细菌属(Chryseobacteriumsp.)的CbCas9生长出了一个全新的增强Cas9活性的β-REC2结构域,以及一个全新的能够与其关联基因PcrIIC1互作的CTH结构域。通过蛋白间相互作用,2个CbCas9蛋白和2个PcrIIC1...
DMFold:精确到氨基酸的互作蛋白结合位点预测分析工具
在此基础上,进一步通过截短突变体探索蛋白质之间的互作结构域,甚至是通过氨基酸点突变为丙氨酸来确定互作的氨基酸位点(www.e993.com)2024年9月7日。在没有前人相关研究报道的情况下,通常需要先分析预测互作蛋白质之间可能的氨基酸结合位点。而在药物设计研究中,这样的相互作用通常称作分子对接,也有多种Dock相关的分析预测网站,很多网站需要繁琐的注册...
本期荐读丨李旭等:锦鲤浮肿病毒热休克蛋白的生物信息学分析
通过网站PSIPRED,在线分析出CEVHSP70的二级结构和三级结构。对蛋白质结构的研究无法避免对其结构域的预测,因为结构域也是蛋白质的重要组成部分,在较大蛋白质分子的比较中尤为常见。可以使用SMART软件进行HSP70结构域的在线预测,以此确定其空间结构。
11月9日开播!蛋白分析及表征技术进展主题网络研讨会
仪器信息网将于11月09日举办“蛋白分析及表征技术进展”主题网络研讨会,聚焦蛋白质的结构表征、相互作用和动态变化等前沿研究,涵盖质谱、XRD、核磁共振、原子力显微镜和冷冻电镜等技术分享,欢迎参加!
中国科学技术大学结合计算预测和设计揭示无序蛋白结构域的靶标...
中国科大刘海燕教授、陈泉教授课题组与复旦大学王文宁教授合作,采用蛋白质结构预测、序列设计等计算手段与蛋白质互补分析和深度突变扫描、X射线晶体学、NMR等实验结合的方法,揭示了固有无序的4.1G蛋白C端结构域识别其固有无序靶标的结构机制。相关研究成果以“Combinedpredictionanddesignrevealthetargetrecognition...
Nature Methods | 突破蛋白质功能研究瓶颈:ORFtag高效标记与筛查...
筛查靶蛋白的功能富集:图b显示了筛查靶蛋白在人类同源基因中的富集情况,包括DNA结合域、激活域、抑制域和RNA结合蛋白。此外,激活因子筛查靶蛋白显著富集于ORFeome激活因子,尽管重叠有限。功能领域的富集:图c展示了激活因子、抑制因子和PTGR筛查靶蛋白的蛋白质结构域、生物过程和细胞成分的GO富集情况。结果显示,这些基因...