单模型斩获“蛋白质突变预测”榜一,西湖大学提出基于结构词表方法

作者推测这是由于AF2预测出来的蛋白质结构带有一些隐藏的模式(patterns),由于前两种方式是直接对蛋白质的三维坐标进行建模,这些隐藏的pattern可能很轻易地就被模型识别出来,从而造成了信息泄露的问题,让模型无需真正学习到蛋白质的进化信息就能轻松地完成训练目标。而结构感知词表通过将蛋白质结构编码成一维的结构序列,...

科创未来丨AI for Science:人工智能的风终于吹到了科学界

2020年,经过升级迭代的“阿尔法折叠”在第14届蛋白质结构预测关键评估大赛中,取得了总分92.4/100的成绩,意味着计算生物学几乎获得了与实验室方法精确度相当的蛋白质结构预测结果。2021年,“阿尔法折叠”所在的企业“深层思维”(DeepMind)发布了“阿尔法折叠”蛋白质结构数据库,对98.5%的人类蛋白质结构进行了准确预测。20...

开源多结构蛋白质预测大模型——Genie 2

开源多结构蛋白质预测大模型——Genie2蛋白质结构主要由折叠成三维形状的氨基酸组成,想要设计具有精确结构和功能特性的蛋白质仍然有很大的技术难题,例如,酶催化或分子识别,这在各种生物和工业应用中至关重要。为了帮助医疗、生物领域的研究人员提升对蛋白质的设计效率,哥伦比亚大学和罗格斯大学的研究人员联合开源了一款...

4000万蛋白结构训练,西湖大学基于结构词表的蛋白质通用大模型

作者推测这是由于AF2预测出来的蛋白质结构带有一些隐藏的模式(patterns),由于前两种方式是直接对蛋白质的三维坐标进行建模,这些隐藏的pattern可能很轻易地就被模型识别出来,从而造成了信息泄露的问题,让模型无需真正学习到蛋白质的进化信息就能轻松地完成训练目标。而结构感知词表通过将蛋白质结构编码成一维的结构序列,...

David Baker:可预测所有生物分子,生成具有高级结构的蛋白质

可模拟所有生物分子,从头合成高级功能蛋白质,已免费开源蛋白质是生命活动的物质基础,也是细胞内部的主要功能分子。公开资料显示,AlphaFold是DeepMind推出的蛋白结构预测工具;RoseTTAFold是DavidBaker实验室推出用于预测蛋白质结构的深度神经网络,RFdiffusion则是该实验室推出用于从头构建全新蛋白质的生成式AI工具...

《食品科学》:湖北工业大学周彬教授等:pH值偏移对麦谷蛋白结构的...

这是由于pH值偏移处理过程中Glu发生了脱酰胺,酰胺键断裂,使酰胺基团转变为羧基,因而蛋白质带负电荷增加且静电斥力变大,同时蛋白质结构中氢键及范德华作用力减弱,导致蛋白质结构展开,水合能力增加(www.e993.com)2024年11月8日。其中碱偏移处理下溶解度明显提高,特别是Glu-13的溶解度接近90%。在图1B可以直接观察到蛋白质溶液的宏观差异,碱偏移...

AI+Science新视野:用物理信息引导AlphaFold 2预测蛋白质动力学

图1:研究方法示意图:根据物理知识筛选MSA中的序列,引导AF2预测蛋白质的不同构象状态。2.蛋白质折叠的能量面与阻挫美国国家科学院院士、莱斯大学的PeterG.Wolynes教授(本文的合作者之一)及其同事在20世纪80年代提出的蛋白质能量面理论,为预测蛋白质结构与动力学提供了基本的物理学原理:蛋白质折叠可以被看作是...

Nature|Alphafold 3.0:AI 蛋白质预测器的升级

自强大的人工智能(AI)工具蛋白质预测结构模型AlphaFold2于2020年发布以来，科学家们已经广泛使用这一工具预测了各种蛋白质结构、发现了药物以及绘制了多种已知蛋白质。AlphaFold2的推出，在蛋白质结构及其相互作用建模方面引发了一场革命，有力推动了生命科学的发展。中国科学院院士施一公曾对媒体说：“依我之见，这...

Transformer大杀器进入蛋白质组学,一文梳理LLM如何助力生命科学...

蛋白质结构条件化序列条件化2019年的一篇论文提出了「ConditionalTransformerLanguage」,简称CTRL,是一种包含条件标签的自回归模型。CTRL的提出标志着NLP领域的一大进步。这些条件标签被称为控制代码,让模型无需输入序列即可生成有针对性的文本,有效地影响输出文本的体裁、主题或风格。

AI可据蛋白结构快速设计药物分子

AI可据蛋白结构快速设计药物分子一种新的生成式AI可从头开始设计分子,使其与相应蛋白质精确匹配。图片来源:苏黎世联邦理工学院瑞士苏黎世联邦理工学院化学家开发出一种新的人工智能(AI)算法程序,可根据蛋白质的三维表面快速、轻松地设计活性药物成分。最新一期《自然·通讯》杂志刊发的这一成果,可能彻底改变药物研发...