想改造蛋白质?交给人工智能吧

此前AlphaFold2预测蛋白质结构一鸣惊人,就是因为它完美实现了蛋白质序列到结构的对应,而蛋白质序列到功能的良好对应有助于蛋白质实现更优异功能,可谓改造蛋白质的“胜负手”。??从蛋白质到底盘菌,有可能吗改造蛋白质的可选方案从“大海”缩小到“水杯”之后,还要做什么呢?第一步:湿实验验证,也就是将第一...

追问weekly | 过去一周,脑科学领域有哪些新发现?

随后,研究人员通过操控SUZ12蛋白的VEFS结构域,进一步验证了这一修饰的作用。这种操控不仅增加了H3K27me1的富集,还导致了小鼠的行为和转录变化,包括社交回避和低动机等压力易感表现。研究首次揭示了H3K27me1在大脑中作为“染色质疤痕”影响压力易感性的机制。研究结果发表在Neuron期刊上。#大脑健康#组蛋白修饰...

AlphaFold 为什么能精准预测蛋白质结构?

当不同的氨基酸连成一串的时候,它们会脱水形成肽链,也就是蛋白质的一级结构;而这样的一级结构是不稳定的,受到疏水作用、氢键和范德华力等影响,肽链最终会折叠成一个非常复杂而稳定的三维结构。图1是一个蛋白质折叠前后对比的例子。图1:蛋白质折叠示意图丨图源:wiki蛋白质折叠成何种结构决定了它将具有何种功...

科学家开发生成式AI模型,可准确预测蛋白质-配体复合体结构

第一层是语义层,用于预测蛋白和小分子相互作用过程中的接触图。“通俗地理解就是,小分子在引入之后,对蛋白内部长距离的相互作用的影响。我们提出了一个高效的、基于高阶注意力机制的架构来学习这些长程相互作用。”乔卓然表示。第二层则是根据语义约束,基于扩散模型对小分子和蛋白结合结构的三维坐标进行预测。“...

又一突破性成果!人工智能大模型预测蛋白质结构速度再次提高数百倍!

接下来,在更大的层面上,螺旋或环又进一步折叠成一个三维空间内紧凑的结构,被称为蛋白质的三级结构。所有蛋白质都有三级结构,三级结构跟蛋白质的稳定性关系最大,如果三级结构被破坏,蛋白质就会失去部分或全部功能。部分蛋白质还有四级结构,传统实验室观测蛋白质结构的方法主要有三种,即核磁共振、X射线晶体学、冷冻电...

Nat. Methods. 速递:考虑生物背景信息的单细胞蛋白质计算模型

将上述两图结合,可得到一个层次异质性网络,节点为蛋白质、细胞类型、组织类型,边为不同类型节点之间的关系(如蛋白互作关系,细胞配受体关系,组织层次等)(www.e993.com)2024年11月25日。2)预训练(图1c-d):采用对比学习的思路,对图进行自监督预训练,采用层次消息传递的方式对节点进行消息聚合,有边的节点之间增加特征表示相似性,无边的...

AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光

答案在于,蛋白质拥有丰富而复杂的空间结构,这些结构决定了蛋白质的功能。蛋白质以氨基酸为基本组成单位,氨基酸的不同排列(即序列)以及在此基础上的卷曲折叠,形成了特定的三维立体结构,进而执行不同的功能。人类现在已知组成蛋白质的氨基酸有20余种,如果它们可以以任意顺序和长度链接、并折叠形成不同的蛋白质,那么理论上...

...突破性的纳米蛋白质组学技术揭示人体心肌肌钙蛋白复合物的结构...

此外,nTDMS阐明了cTn复合物的化学计量和组成,定位Ca2+结合域,定义cTn-Ca2+结合动力学,并提供蛋白质形态的高分辨率图谱。这种天然纳米蛋白质组学策略为内源天然蛋白质复合物的结构表征开辟了范例。(论文链接:)这一研究为深入了解心脏组织中内源性蛋白质复合物的神秘世界提供了一种前所未有的工具和方法...

考研生物物理学专业简介

生物物理学的研究对象主要包括生物体的组织、细胞、分子等不同层次的结构,以及这些结构所涉及的生物化学反应、生物电活动、生物光学等物理现象。通过运用物理学的原理和技术手段,生物物理学研究人员可以揭示生物体内各种生物过程的物理机制,如蛋白质的折叠和功能、细胞的运动和分裂、神经信号的传递等。

不只是 AlphaFold,一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...

图|蛋白质结构水平(来源:MarkBelan)地球上已知的蛋白质有数亿种,未知的也有很多。它们承担着各种各样的功能:血红蛋白和肌红蛋白将氧气运输到肌肉和全身;角蛋白为头发、指甲和皮肤提供结构;胰岛素使葡萄糖进入细胞,转化为能量。蛋白质可以呈现出看似无穷多的形状,从而匹配它们在生命活动中执行的看似无穷多的任务。