实现蛋白质动态对接预测!上海交大/星药科技/中山大学等联合推出...

也就是说,即使特定构象与初始提供的蛋白质结构不同,DynamicBind也能识别出能与蛋白质的其他可能构象进行很好结合的化合物。DynamicBind涵盖了多尺度的蛋白质构象变化研究人员使用从皮秒级到毫秒级的6个不同类型的跨尺度构象变化对DynamicBind进行评估。如下图所示,粉色表示晶体结构,白色表示AlphaFold结构...

湖北大学2025考研招生考试大纲:新能源与电气工程学院-高分子物理

名词概念:构型、构象、高分子链的柔顺性、空间位阻参数、极限特征比、链段、链段长度、自由连接链、自由旋转链、等效自由连接链、理想链与真实链内容要求:1、高分子的一级结构,包括化学组成、构型、构造和共聚物的序列结构;2、高分子的二级结构,包括微构象与宏构象、构象统计、高分子链的柔性;重难点:1、能...

大模型落地应用观察:难点与破局

但科学家若想通过计算氨基酸分子间的相互作用来预测其折叠方式,则要穷尽所有可能的蛋白质构型,需要的时间将超过整个宇宙的年龄。“现在通过使用AI技术,可以在很短的时间内精确算出蛋白质的三维构象,科学家们还在进一步探索运用AI根据特定的功能需求设计自然界不存在的蛋白质或改造已有的蛋白质。”计算生物学家、分子之...

《食品科学》:东北农业大学李柏良教授、郭增旺副教授等:乳脂肪球...

含量略少于PAS6/7的BTN是免疫球蛋白家族的受体蛋白,泌乳时富集在细胞质膜顶端和MFGM,是乳腺中唯一的I型跨膜糖蛋白,胞外含有两个免疫球蛋白家族的结构域,为跨膜结构域和胞内结构域。在髓磷脂少突细胞糖蛋白中,这两个结构域在结构上类似于免疫球蛋白折叠,胞外结构域和大多数蛋白的羧基端都含有锌指结构域,独特的...

AlphaFold技术距离解决药物发现核心问题还有多远

蛋白质结构测定是生物学和生物医药研究中的一个重要领域。虽然X射线晶体学、核磁共振(NMR)和冷冻电镜(Cryo-EM)等技术对很多蛋白质来说,已经能够提供相对高分辨率的结构图像,但蛋白质结构在水溶液中不是静态的,它们可以呈现多种构象,并且在与其他分子相互作用时发生结构变化。捕捉和理解这些动态变化对于揭示蛋白质的功...

关于疫苗抗原:糖基化对质量和性能的影响

Delta毒株刺突蛋白含有将Asp614更改为Gly的关键突变,其突变局部的糖基化模式有所不同,这可能是由于局部流动性增加所致(www.e993.com)2024年11月8日。O-糖基化也不同,特别是在涉及受体结合所需构象变化的区域和抗原暴露。这表明O-糖基化可能是呈现该构型的关键。因此,在这种情况下监测O-糖基化可能很重要。

.../东林曾素清合作AFM:??开发一种基于溶剂刺激的纤维素-蛋白...

同时,RCP-gel还具备良好的生物相容性、出色的耐腐蚀性、易于回收与加工性、形状可塑形,使其在柔性电子、生物塑料等跨学科领域应用前景广阔。该研究提出了分子层面上优化多糖-蛋白质的超分子网络构型设计,为未来新型、可持续、高性能的软凝胶材料开发与高值化应用提供了新思路。

新药研发(六)| 先导化合物下篇:药物设计之苗头化合物的改造

SBDD(Structure-baseddrugdesign)是通过了解药物与靶点(如蛋白质)之间的相互作用,设计出具有高亲和力和选择性的药物分子,细分为两种策略分别是“基于受体的药物设计”和“基于配体的药物设计”。2.2.1基于受体的药物设计(RSBDD)RSBDD(Receptor-baseddrugdesign)的基本思想是通过对受体结构进行分析和理解,可以...

D-氨基酸多肽的医药学价值

例如,多粘菌素和放线菌素D主要由蛋白质氨基酸组成,其中只有少数氨基酸具有D构型,此类抗生素可以具有线性和环状结构。大多数情况下,主要由非蛋白氨基酸组成的抗生素具有完整的环状结构。同时,它们的分子作用机制非常多样化,从细菌质膜磷脂的去磷酸化(杆菌肽A)到破坏离子跨膜转运的假离子通道的形成(酪丝菌素)。

...组与河北工业大学安海龙课题组合作揭示TMEM16A通道开放态构型...

该研究通过分子动力学模拟和电生理实验揭示了TMEM16A通道的开放态构型,并基于该结构鉴定了一处重要的药物结合口袋。首先,团队采用加速分子动力学模拟和分段模建技术重构了TMEM16A开放态结构(图1A)。与脱敏态结构相比,跨膜螺旋TM3和TM4在开放态结构中有明显的构象重排。特别是TM4上段位移超过5??(图1B)。孔道分析...