??研究蛋白质热稳定性的几种方法
蛋白质在一定的物理和化学条件(加热、加压、脱水、振荡、紫外线照射、超声波、强酸、强碱、尿素、重金属盐、十二烷基硫酸钠)下,其空间构象容易发生改变而失活,因此研究蛋白的构象和构型变化对其应用有重要的价值。蛋白质的变性作用主要是由于蛋白质分子内部的结构被破坏。天然蛋白质的空间结构是通过氢键等次级键维持的,...
优于3D模型,基于扩散的生成式AI从2D分子图探索过渡态
TSDiff预测分布的概念说明。(来源:论文)编辑|X过渡态(TS)探索对于阐明化学反应机制和动力学建模至关重要。最近,机器学习模型在TS几何形状(geometries)预测方面表现出了卓越的性能。然而,它们通常需要反应物和产物的3D构象,并以其适当的方向作为输入,这需要大量的努力和计算成本。近日,韩国科学技术院(KAIS...
新药研发(六)| 先导化合物下篇:药物设计之苗头化合物的改造
通过合理的闭环改造,我们可以调整分子的立体构型,使其更好地适应靶标分子的结构,从而提高药物的亲和力和特异性。3.4生物电子等排体法3.4.1电子等排体分类生物电子等排体(Bioisosteres)指的是那些在化学结构上有所不同,但在生物活性上可以相互替换的化合物,这个概念包括了经典型和非经典型两种。经典型生物电...
中科院1区if11.2: 蒸制多花黄精多糖的结构特征及其改善肠道屏障和...
图中为PSP-W-1与不同构型半乳糖标准品的GC色谱图,通过与标准品的对比可以判断PSP-W-1的D构型(图2c、d、e、f)。图2单糖成分分析的气相色谱图。(a)单糖标准品。(b)PSP-W-1。(1.鼠李糖;2.岩藻糖;3.阿拉伯糖;4.木糖;5.甘露糖;6.葡萄糖;7.半乳糖;8.L-手性肌醇)。绝对构象分析的气相色谱...
2024年郑州大学硕士研究生招生考试929有机化学考试大纲已发布
(R-/S-构型标记法);一些概念:对映体与非对映体、内消旋体、苏式与赤式、差向异构体、差向异构化、外消旋化、外消旋体、手性碳、手性中心、原手性碳、假不对称碳、位阻异构体;手性碳原子的个数与旋光异构体的数目;脂环族化合物的立体异构(顺反异构体、对映异构体、构象异构体以及它们之间的关系);不...
北京师范大学赵常贵课题组ACS Catalysis:平面手性环蕃烷的不对称...
构效关系研究表明,平面手性环蕃烷的构象稳定性对药物分子的活性具有较大影响(www.e993.com)2024年10月18日。构象稳定的平面手性大环分子有助于增强其与靶向蛋白的结合力,从而产生更强的生物活性(图一)。因此,发展催化不对称合成平面手性环蕃烷分子的新方法、并研究其构象稳定性,无疑对相关药物分子设计具有重要意义。
MicroED解析小分子绝对构型(手性)
手性(Chirality)是分子构型的一个重要因素。有机化合物在立体化学中被区分为各种类型的异构体,如构象异构、几何异构、旋光异构(对映异构)等。旋光异构形成的关键就在于分子具有不对称性(手性)。手性分子是不能与自己的镜像分子重合的有机化合物。手性分子主要有三类:...
浙江大学许震、高超团队:以氧化石墨烯为例初绘二维大分子构象工程...
3.宏观材料的构象工程以GO为例,2D大分子的丰富构象在浓缩过程中倾向于形成三维多尺度的皱纹,包括跨越多个尺度的波纹,折叠、折痕和褶皱。2D分子的原子厚度和灵活性会加剧这种情况。与一维(1D)聚合物的概念类比,团队提出了2D大分子的构象工程方法学,可以对2D大分子构象的描述、加工和制造提供统一的框架,更定量化的...
Nature子刊|不确定性驱动、用于主动学习的动力学用于自动采样
UDD-AL相对于常规高温采样的主要优势在于,UDD-AL有助于对重要的代表性不足的化学数据进行采样,而不会出现高温条件引起的随机结构失真。此功能可用于对温度敏感或亚稳态系统的构象、构型空间进行有效采样。测试还表明,偏置电位(biaspotential)可以促进高能化学空间的采样,而不会牺牲低能构型的采样。这意味着UDD...
胡文祥:在通往诺贝尔奖的科研大道上
他开创了全新的计算过程,从经典的分子力学计算分子的低能构型构象等几何参量入手,再输入给量子化学程序计算分子的轨道能量和电荷密度等电子参数,或者使用分子力学计算整个分子骨架几何参量,用量子化学计算活性中心的电子参数,如此一来计算效率得到了极大提高。其中的一个课题“胆碱能药物的分子力学研究”获得了1996年度...