中国科大建立新的蛋白质从头设计方法

(a)SCUBA主链能量面上的极小对应了蛋白质的可设计主链结构,即特定氨基酸序列下的最低自由能结构;(b)SCUBA中用神经网络表示的统计能量项;(c)和(d)用近邻计数(NC)-神经网络(NN)方法从蛋白质结构原始数据中学习解析能量函数的方法框架。理论计算和实验证明,用SCUBA设计主链结构,能够突破只能用天然片段来拼接产生...

中国科大在人类癌症细胞的多药耐药蛋白的结构和功能研究领域取得...

结构分析表明,apo-formABCC3结构呈现向细胞质基质开口(inward-facing)的构象:两个核苷酸结合结构域(NBD)彼此分开,两个跨膜结构域(TMD)形成一个朝向细胞质基质开放的“V形”底物转运通道。与经典的ABC转运蛋白不同,其N端有一个额外的五股跨膜螺旋组成的TMD0结构域。TMD0的五股跨膜螺旋聚拢在一起,形...

从计算机跨界生物学,坐了10年冷板凳后,他开创蛋白质预测新范式

很长一段时间内，结构生物学家们用X射线晶体学、核磁共振波谱学（NMR）、冷冻电镜(Cryo-SEM)三种实验技术解析了很多蛋白质的结构。这个方法有许多弊端，例如，用时长、费用高，而且并非所有蛋白质的三维构型都能用这些实验技术解析。因此，科学家们开始尝试用计算的方法，预测蛋白质结构。1972年，诺贝尔化学奖得主、...

AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光

答案在于,蛋白质拥有丰富而复杂的空间结构,这些结构决定了蛋白质的功能。蛋白质以氨基酸为基本组成单位,氨基酸的不同排列(即序列)以及在此基础上的卷曲折叠,形成了特定的三维立体结构,进而执行不同的功能。人类现在已知组成蛋白质的氨基酸有20余种,如果它们可以以任意顺序和长度链接、并折叠形成不同的蛋白质,那么理论上...

中国科学技术大学结合计算预测和设计揭示无序蛋白结构域的靶标...

固有无序蛋白(IntrinsicallyDisorderedProtein,IDP)之间的相互作用具有高度动态性。如何阐明其底层的三维结构机制对目前的研究方法是一种挑战。4.1G蛋白作为细胞膜骨架适配器,其保守但被认为是固有无序的C端结构域可以靶向识别其他蛋白中的特定无序区域,在细胞骨架维护、蛋白定位、信号传导、细胞黏附和迁移等过程中发挥...

清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法

DeepP450通过蛋白质语言模型ESM-2和可表征分子结构特征的预训练模型Uni-Mol分别提取不同CYPs和分子的高维特征,利用交叉注意力和自注意力层进行特征融合并反向微调ESM-2和Uni-Mol,通过集成模型的方式实现了人体关键CYPs潜在底物的精准预测(www.e993.com)2024年11月8日。该模型在测试集上的预测准确率高达92%,9种CYPs的底物/非底物预测AUROC值在0.89...

4000万蛋白结构训练,西湖大学开发基于结构词表的蛋白质通用大模型...

作者在蛋白质突变数据集(ProteinGym)上和真实人类临床疾病数据集(ClinVar)上测试了SaProt的zero-shot能力,结果如下:图:Zero-shot实验结果SaProt在两个数据集上都超越了以往的所有结构和序列模型,证明了其在zero-shot预测突变上具备优异的能力。监督微调测试...

David Baker:可预测所有生物分子,生成具有高级结构的蛋白质

蛋白质是生命活动的物质基础,也是细胞内部的主要功能分子。公开资料显示,AlphaFold是DeepMind推出的蛋白结构预测工具;RoseTTAFold是DavidBaker实验室推出用于预测蛋白质结构的深度神经网络,RFdiffusion则是该实验室推出用于从头构建全新蛋白质的生成式AI工具。这些工具专注于蛋白质的氨基酸构建模块,而非捕获蛋白质...

质谱技术揭秘蛋白质:从结构到功能的深度解析

蛋白质是生物体中最重要的分子之一,对于我们理解生命的机制和研发生物药物具有关键作用。质谱技术作为一种强大的分析工具,能够帮助我们揭示蛋白质的结构、组成、修饰和功能。本文将详细介绍质谱技术在蛋白质研究中的应用,着重强调质谱技术主要分析蛋白质的什么。

牵手礼来和诺华,谷歌旗下AI公司原子级预测蛋白质三维结构

crRNA和DNA结合的预测结构(图源:Iso官网)■准确预测蛋白质配体结构??新一代AlphaFold在与药物研发相关的蛋白质结构相关部分的能力明显超越了AlphaFold2.3和行业标准,尤其是在抗体结合预测方面。目前,主要使用"对接方法"来预测蛋白质配体结构,需要参考蛋白质结构或配体口袋的位置。