JGG | 江苏省农科院赵涵团队构建玉米氮响应调控网络并挖掘氮敏感...
A:B73和Ki11中氮吸收和利用基因在不同氮条件下随时间的表达变化;B:B73中差异氮响应调控网络;C和D:Ki11中差异氮响应调控网络综上所述,该研究构建了两种玉米自交系差异氮响应调控网络,并解析了MADS26在氮素吸收和利用中的关键作用,MADS26过表达显著提高玉米对氮素的吸收和利用。该调控网络中的候选基因为培育玉...
中国科大在基因转录调控研究中取得突破性进展
转录因子是调控细胞中从DNA上读取信息转录产生RNA的一大类蛋白质因子,针对特定转录因子的ChIP-seq实验,可以在全基因组水平获知受其调控的所有靶基因。该研究揭示这两个转录因子各自均调控2000多个基因(秀丽线虫约有2万个基因)的表达,而且非常有意思的是,它们共同调控1300多个编码和非编码基因的表达。这些靶基因在对...
Nature Methods | 精准基因比对新突破:Genes2Genes框架助力单细胞...
G2G通过扩展DTW的能力,能够同时捕捉匹配和不匹配的基因状态,尤其是在复杂的生物系统中,如免疫细胞发育和疾病状态下的基因表达变化。单细胞转录组轨迹比对的概念和方法(Credit:NatureMethods)单细胞轨迹的比对原理:该图概述了将参考轨迹和查询轨迹(如体内细胞发育与体外细胞分化)进行比对的流程,展示了如何通过比对捕捉...
...RNA聚合酶Pol V转录产物在调控基因表达和植物抗病虫中的全新功能
发现PVT在转录水平调控ERF5和ERF6的表达。已知非编码RNA可通过招募组蛋白修饰酶或调节其活性,调节靶位点组蛋白修饰,从而调控基因转录。其中,H3K4me3是一种与基因转录激活相关的组蛋白修饰。该研究检测了polv突变体和pvt突变体中ERF5和ERF6位点的H3K4me3水平,发现PVT为ERF5和ERF6位点上H3K4me3积累所必需,这表明PVT...
AI for Genomics丨空间转录组数据表征算法 SPACE,基因组学的人工...
然而,这一概念存在局限性。例如,下图A中展示的是两个区域间存在显著的基因表达差异,但在图B和图C中,区域间的基因表达分布并不完全干净,可能存在混杂。而图B和图C展示的是空间域概念无法解决的情况。针对于此,我们提出了SPACE方法,通过学习互作感知(interaction-aware)的细胞嵌入(cellembed...
转录体通过隔离CDK9调控基因表达
近日,瑞士洛桑大学教授NadineL.Vastenhouw小组的研究显示,转录体通过隔离CDK9调控基因表达(www.e993.com)2024年10月19日。该项研究成果发表在2024年4月8日出版的《自然—细胞生物学》杂志上。研究团队破坏了斑马鱼胚胎中两个突出的,标志着合子转录开始的内源性转录体的形成,通过富集的SLAM-测序和活细胞成像分析了对基因表达的影响。研究小组发现...
不止决定性别,XY染色体还广泛调控常染色体的基因表达
通过纳入等位基因特异性分析,研究团队确定了X染色体上基因表达变化是由两方面的联合作用:1)来自不活跃的X染色体的等位基因的表达;2)不活跃的X染色体反式调控活跃的X染色体的转录。考虑到不活跃的X染色体在转录水平调控活跃的X染色体的基因,就产生了一些新的问题:...
Cell重磅发现:新型DNA调控元件——促进子,促进增强子对基因表达的...
我们的DNA中,表达蛋白质的编码基因只占2%,其余98%的DNA是非编码的,但它们中包含着调控元件,它们能够影响附近的基因表达,从而控制细胞的各个方面。增强子(Enhancer)就是DNA中的一种调控元件,它们位于基因之间,在不同的时间和水平上以不同的组合来开关基因。尽管在40多年前就发现了增强子,但其工作原理仍然没有完全...
...健团队发现胰腺癌seRNA甲基化调控组蛋白修饰和癌基因表达新机制
此项研究首次揭示了胰腺癌中seRNA甲基化修饰对组蛋白修饰和癌基因表达的调控,扩展了人们对超级增强子及其转录本功能新的认知。2023年11月13日,中山大学肿瘤防治中心林东昕、郑健研究组在NatureGenetics发表了题为“Super-enhancerRNAm6Apromoteslocalchromatinaccessibilityandoncogenetranscriptioninpancreatic...
科普|中药可以调控人体基因吗?
同时我们也发现,中药也可以对基因组的表观调控发挥明显作用。中医理论强调整体观念,在整个基因组范围内,研究中药在不同疾病状态下影响基因表达调控的机制有重要价值,据此发现能够调控该疾病相关基因谱的潜在中药治疗药物。中医辨证论治是一种相对宏观的理论,而中药功能基因组学是研究中药调节人体基因表达,发挥治疗作用的...