2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项
蛋白质拥有广泛的生物学功能,包括结构组分(胶原蛋白)、催化功能(酶)、调节作用(激素)、物质运输(血红蛋白)、机械收缩(肌动蛋白)、机体免疫(抗体)等,进而参与几乎所有生命过程,如分子水平的DNA复制和转录、蛋白质翻译、物质与能量代谢等,以及细胞层面的精卵融合、细胞增殖和分化、细胞凋亡和坏死、细胞衰老和细胞通信等...
2024年诺奖技术再升级,AlphaFold3来了!超越蛋白质结构,全面预测...
这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻译后修饰和离子对这些分子系统的结构影响,从而帮助我们在原子水平上精确地观察生物分子系统的结构。这种用计算机解析蛋白质与其他分子复杂相互作...
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蛋白质拥有广泛的生物学功能,包括结构组分(胶原蛋白)、催化功能(酶)、调节作用(激素)、物质运输(血红蛋白)、机械收缩(肌动蛋白)、机体免疫(抗体)等,进而参与几乎所有生命过程,如分子水平的DNA复制和转录、蛋白质翻译、物质与能量代谢等,以及细胞层面的精卵融合、细胞增殖和分化、细胞凋亡和坏死、细胞衰老和细胞通信等...
2024年诺贝尔化学奖揭晓!揭开蛋白质折叠的秘密
相对于Rosetta等此前的结构预测算法,AlphaFold2得到的预测结构与实验测定的真实蛋白质结构有着非常高的一致性。插图:使用Baker程序Rosetta开发的蛋白质AlphaFold2的技术特点是使用了一种基于深度学习的方法,特别是注意力机制和神经网络,用于预测蛋白质的氨基酸对之间的距离,并据此构建蛋白质的三维结构。它的成功震撼了科...
2024化学诺奖专家解读:颁给蛋白质预测和AI实至名归,化学家还不会...
不同氨基酸的区别在于它们的侧链基团不同,这影响了它们在蛋白质结构中的相互作用和功能。当两个氨基酸相遇时,其中一个的羧基结构会和另一个的氨基发生反应,形成肽键将它们连接在一起,如此形成多肽链。这便是蛋白质的“一级结构”。多肽链会以螺旋或折叠的方式形成特定的“二级结构”,这些二级结构又能通过连接结构...
诺贝尔化学奖给了预测蛋白质的哈萨比斯等,是AI for Science,物理...
结构特点它包含了新颖的α螺旋和β折叠的组合方式这种排列在自然界中从未被发现过虽然使用了常见的二级结构元素(α螺旋和β折叠),但它们的三维空间排布是全新的突破意义证明了我们可以设计出自然界中不存在的蛋白质结构表明蛋白质设计不必局限于模仿自然蛋白质...
AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光
就此,深入广阔无垠的蛋白质世界、揭开更多的生命奥秘,成为生命宇宙探索的一个清晰的航向。进入二十一世纪,机器学习逐步成为计算机科学的重要研究方向,也开始影响蛋白质结构研究。传统的机器学习方法是直接把蛋白质的氨基酸序列映射到一个三维构型上去,结果略优于基于物理或统计的方法,但并没有得到本质上的改变。
Nature Methods | 基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动...
数据显示,ClinVar数据库中具有致病/可能致病(P/LP)错义变异的数据集中,活性位点的丰度最高,表示这些变异更有可能出现在功能重要的蛋白质区域。相比之下,gnomAD中的常见变异(commonvariants)则在这些重要功能区域的丰度较低。二级结构类型的分布:图中将二级结构分为三类:螺旋(helix)、链(strand)和环(loop)。Clin...
谷歌DeepMind再放大招!AlphaProteo直接设计全新结合蛋白,加速药物...
蛋白-蛋白对接可视化软件pymol使用AMBER分子动力学模拟高斯加速分子动力学模拟模拟轨迹RG,RMSD,RMSF,二级结构变化,PCA分析MM-GB/PBSA方法计算结合自由能实践范例:蛋白和小分子配体的分子动力学模拟第二天机器学习与深度学习基本知识a)经典模型线性及非线性映射:线性回归、逻辑回归聚类:K-近邻聚类核方...
...河南科技大学罗登林教授等:热处理对荞麦麸皮蛋白结构与理化...
(SPI)为参考,经热处理制备出3种蛋白质的热凝胶(TBBP-G、CBBP-G与SPI-G),通过观察荞麦麸皮蛋白与蛋白质热凝胶分子质量、二级结构、内源荧光光谱、游离巯基与二硫键、微观结构,热特性及流变学特性的变化规律,分析热处理对荞麦麸皮蛋白结构及理化性质的影响,以期为推进荞麦麸皮蛋白在食品领域中的加工与应用奠定...