2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项

FM又称从头计算方法,利用能量函数计算氨基酸空间相互作用,最终从所有可能结构中选取最佳形式,依靠分子动力学模拟获得蛋白质折叠方式,该法对小分子量蛋白质结构预测还算准确,但随着蛋白质复杂性增加逐渐变得无能为力。1994年,美国计算生物学家莫尔特(J.Moult)和菲德利斯(K.Fidelis)为推动蛋白质结构预测领域的快速发展,...

AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评

AI精准预测蛋白质结构,结构生物学学家如何走好下一步,今年前知名学者颜宁就在讨论这个问题。2020年12月1日,谷歌旗下的DeepMind公司宣布,其新一代AlphaFold人工智能系统在国际蛋白质结构预测竞赛(CASP)上击败了其余的参会选手,精确预测了蛋白质的三维结构,准确性可与冷冻电子显微镜(cryo-EM)、核磁共振或X射线晶体...

...了,专家解读:2024诺贝尔化学奖为何颁给蛋白质的AI计算和结构预测

如今AlphaFold出现,使得对很多蛋白预测的结果几乎已经达到了实验测定的精度,成为蛋白质结构研究中的强大工具。蒋超告诉记者,AlphaFold的算法机制和大数据模型的“喂养”相似,将已经被实验解析的那些蛋白质结构“喂”给AlphaFold,它就会“吐”出来还没有被实验解析的蛋白质结构。2020年底,AlphaFold被Science杂志评选为年度十...

用AI模型预测蛋白质结构

他指出,蛋白质三维结构由主链和侧链搭建而成,Alphafold2的主链预测总体做得不错,但侧链预测的质量不够好,至少离药物设计要求的精度还有很大的差距。为此,复旦大学复杂体系多尺度研究院研发出一款名为OPUS-Rota5的算法,它能大大提升蛋白质侧链结构测试精度,专门针对Alphafold2的软肋。现在即便是有了Alphafold3,目...

2024化学诺奖专家解读:颁给蛋白质预测和AI实至名归,化学家还不会...

来自谷歌公司的哈萨比斯和詹珀创造了AlphaFold系列算法，通过不断迭代，2020年诞生的AlphaFold2已经能够以超过90%的正确率通过氨基酸序列预测人类所知的2亿种蛋白质结构。而蛋白质计算领域的先驱者贝克除了创造多种预测算法外，更加开创了在没有现存蛋白质结构参考的情况下“从头设计”蛋白质的先河，为药物设计等领域作出...

从计算机跨界生物学,坐了10年冷板凳后,他开创蛋白质预测新范式

由于使用了深度学习算法，研究人员只需给计算机输入氨基酸序列，告诉计算机这些序列对应的真实结构或者实验结构，就可以让计算机学会自主预测蛋白质结构(www.e993.com)2024年11月8日。2018年，DeepMind继承许锦波团队的方法，开发了AlphaFold。CASP比赛创办者，现任马里兰大学细胞生物学和分子遗传学系教授的约翰·莫尔特曾评价道：“DeepMind在开发一种非常...

AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光

2016年夏天,许锦波教授开发出的算法RaptorX-Contact,证明了深度残差卷积神经网络可以大幅度提高蛋白质结构预测的性能,并在当年的全球蛋白质结构预测比赛(CASP12)中,在蛋白质接触矩阵的预测上得分居首位,引发学界关注。在此之前,CASP的平均得分一直在30分左右徘徊,而许锦波教授的算法一举将纪录提升到了60分,实现了真正...

AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?

“统计派”的一大巨作便是DeepMind公司开发的AlphaFold了。其实在AlphaFold横空出世之前,其他的预测算法(如Rosetta@Home)也一直在进步,准确率不断提升,然而AlphaFold的光芒实在太耀眼,以至于前人算法的进步显得十分暗淡。2020年,AlphaFold2参加了蛋白质结构预测技术关键测试(CASP)比赛。这是蛋白质结构预测界的奥林匹克...

...等解读AI赋能的蛋白质结构与功能预测及设计丨Cell Press线上讲座

这凸显了开发高性能蛋白功能预测算法的重要性。现有方法主要关注蛋白质序列、网络及结构数据,而忽视了蛋白相关文献信息。然而目前大约82%的SwissProt蛋白已拥有专家标注的文献信息。为此我们提出了一种基于深度信息检索的算法GORetriever。大量实验结果表明,GORetriever能显著提高蛋白功能预测性能。GORetriever也是我们开发的GO...

Cell Press Live:蛋白质结构与功能预测及设计—新闻—科学网

这凸显了开发高性能蛋白功能预测算法的重要性。现有方法主要关注蛋白质序列、网络及结构数据,而忽视了蛋白相关文献信息。然而目前大约82%的SwissProt蛋白已拥有专家标注的文献信息。为此我们提出了一种基于深度信息检索的算法GORetriever。大量实验结果表明,GORetriever能显著提高蛋白功能预测性能。GORetriever也是我们开发的GO...