Nature Protocol丨clusterProfiler,快速表征多组学数据

①对测序reads的质量控制,包括评估测序reads的质量,去除低质量的reads等。此步骤通常使用的软件包括FastQC、Trimmomatic或fastp73。②比对和定量,使用Tophat78、STAR79、Bowtie274或HISAT2等工具将清理后的reads映射到参考基因组或转录组等③用cuffquant、RSEM、featureCounts或HTSeq等工具来量化转录本。在这些步骤之后,...

TopHat“礼帽”:利用受欢迎的第三方服务向中东地区发起网络攻击

这起活动被称为“TopHat(礼帽)”,攻击者使用与巴基斯坦当前政治事件相关的文档作为诱饵文件(采用阿拉伯语编写),以诱使受害者打开,最终导致受害者计算机感染恶意软件。研究人员在博客文章中写道:“最终的有效载荷是一个新的恶意软件家族,我们根据在恶意软件样本中发现的字符串‘Scote’将其命名。Scote为攻击者提供后门...

高盛7500万英镑投资英国最大规模装配式建筑工厂

在TopHat，创新是一个持续的过程TopHat的软件可实现更智能的设计，并确保产品质量可追溯至制造过程的每一步。从下订单的那一刻起，从工厂的生产流程开始到居民搬进他们完工的房产，只需要六周的时间。其专有的覆层系统——TopHat的“3D打印”砖，有多种颜色和设计，与实物几乎没有区别，同时提高了热性能...

粪肠球菌可预测结直肠癌复发

RNA样本在IlluminaHiseq3000平台进行150bp的双端测序。RNA测序数据使用TopHat-HTSeq-DeSeq2软件处理[16]。测序读数数据使用TopHatv2.0.11软件比对(humangenome,hg19)[17]。根据Ensembl_GRCh37数据库默认值建立基因名称索引。通过HTSeq包和GTF注释文件,将测序数据文件转化为读数文件。将每个样本的读...

一家线上课堂与交互式课件平台,“5年收入增10倍”,近期完成1.3亿...

今天分享同样在疫情下快速发展的线上教学、学习软件公司，它最新估值达5亿美元，这家公司是TopHat。TopHat为高校提供线上教学互动平台、为学校及学生提供线上交互式课件的公司。最早成立于2009年，在加拿大滑铁卢大学附近。从2010年开始陆续获得风投投资，2015年正式上线当时第一本“完全交互式的线上学习课本”。加...

解密| 奥维森基因科技教你如何玩转短序列

2.MECAT对三代数据进行纠错比其他软件快3～20倍;3.在组装小基因组方面与略优于其他软件,但在组装大基因组方面稍微差了一些(www.e993.com)2024年11月22日。由于篇幅有限,只能先比对一下这4款经典软件的差异,至于现在快速迭代,广泛应用的Tophat,Star,Hisat等软件,感兴趣的小伙伴可以在评论区留言,咱们继续讨论。

盘点国外那些「值得模仿」的互联网产品(十)

TopHat已经在300多所学校试用,据反馈效果很不错。国内一直提出一个电子书包的概念,好像需要投入的成本十分高,而TopHat充分利用学生已有的智能终端实现了智能互动教学,可谓电子教学的典范。希望国内也能推出这样有趣高效的学习利器。MindSnacks玩游戏学英语...

环状RNA的三种鉴定方法

2.基于RNA-seq比对工具如:Tophat-fusion(KimandSalzberg,2011)、Mapsplice(Wangetal.,2010)、STAR(Dobinetal.,2013)、segemehl(Hoffmannetal.,2014)等,以寻找融合基因的思想检测环状RNA(如下图):先将不能比对到转录本上的读段提取出来,再根据软件预测结果找出处于同一条染色体上的融合基因,最后根据...