蛋白组学测序数据表怎么看
四、常用工具和软件1、MaxQuant用于质谱数据的定量和鉴定分析。2、Perseus结合MaxQuant,用于下游数据分析和可视化。3、ProteomeDiscoverer提供全面的蛋白质鉴定和定量分析。4、Cytoscape用于蛋白质-蛋白质相互作用网络的构建和可视化。
科研论文丨系统评估测序平台与分析软件对肿瘤Panel检测的影响
研究者以突变检出表现最好的FASTASeq300测序平台和SNVer以及VarScan2两款软件为研究重点,比较了不同测序深度下变异检测时间、内存使用、SNP和InDel检测灵敏度的差异,期望探索到保证高灵敏度的情况下所需的最低测序深度(图1f和1g,结果表明:至少500x的测序深度可以保证全部突变的检出,而VarScan2软件消耗内存更少,运行...
指南共识丨纳米孔测序在病原微生物检测中的应用专家共识
纳米孔测序是将单分子检测和电流信号传导相结合的测序方法,测序原理上摆脱了NGS的洗脱和PCR扩增(边合成边测序)过程,通过连接接头的马达蛋白将双链核酸解开,在电场力的驱动下使单链核酸分子穿过纳米蛋白孔道,由于不同的碱基通过纳米孔道时会产生不同阻断程度的电流信号,测序仪通过记录电流信号的变化,就可推导出碱基信息...
经典入门 | 高级转录组分析和R数据可视化 (2024.12)
易生信团队将分享多年经验摸索优秀软件和布置技巧,并分享全部源代码,让你在主流Linux服务器系统(Ubuntu16/18.04,CentOS7等主流发行版)上快速布置专注组分析流程依赖的几十款常用软件、几百个依赖的R和Python包,轻松拥有专业分析平台。个人计算机平台:高通量测序所谓的大数据,都是在原始数据和分析过程中体量大,计算资...
...沈阳农业大学武俊瑞教授等:枯草芽孢杆菌SNBS-3全基因组测序...
细菌素SubtilosinA是一种由核糖体合成的抑菌物质,研究发现SubtilosinA对多种细菌具有杀菌活性,在食品保鲜方面具有潜在的应用价值。以上结果表明,通过全基因组测序推测SNBS-3产生的抑菌物质较多,种类广泛,具有良好的生防潜力。综上,此研究对具有良好抑菌能力的枯草芽孢杆菌SNBS-3进行全基因组测序,通过与多种数据...
上新丨抗传染病利器!华大智造推出HIV与结核分枝杆菌两款测序组合...
耐药分析结果进化溯源分析图ATOPlex结核分枝杆菌扩增测序组合产品产品介绍基于ATOPlex多重PCR技术,华大智造推出ATOPlexMTB建库试剂盒,结合DNBSEQ测序平台,可对结核分枝杆菌的耐药和鉴定区域进行快速、精准的靶向测序(www.e993.com)2024年11月3日。同时MTB-Explorer软件可对结核分枝杆菌复合群(MTBC)和分枝杆菌进行分型、变异检测、耐药预测、进化溯...
准确性媲美人类专家,华人学者用ChatGPT对单细胞RNA测序细胞类型...
我们系统地评估了GPT-4在十个单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集上的细胞类型标注性能,涵盖了五个物种和数百种组织和细胞类型,包括正常和癌症样本。研究团队开发一个R软件包GPTCelltype,用于GPT-4的自动细胞类型注释,并将GPT-4与GPT-3.5,以及CellMarker2.0、SingleR和ScType这几种适用于大量组织的自动细胞类型注释方法...
算力+存力:优化基因测序的关键所在
而这样的解决方案又分为两大类:一类基于CPU进行加速,如CPU+Sentieon软件。Sentieon是一款专门针对X86指令集开发的基因测序加速软件,自2015年发布以来已被全球超过1200家商业公司和科研机构使用,并多次获得国际生信大赛第一名。另一类基于GPU进行加速,如NvidiaGPU+Parabrics软件。Parabrics是基于GPU并行计算技术进行...
四川中医药科学院: 基于高通量测序中江丹参“发汗”过程中优势微...
将测序结果在LC-Bio公司提供的IlluminaNovaSeq平台上进行分析。使用Pear合并读取配对端。根据fqtrim(v0.94)获得高质量清洁标签的条件。筛选嵌合序列采用Vsearch软件(v2.3.4)。使用DADA2进行去重复后,得到特征表和特征序列。然后选择所有的样品统一按最小样本序列数进行抽平分析,基于抽平后...
高分辨率空间组学国产技术平替,就找德运康瑞 SEERNA@ ISS产品解决...
SEERNA@ISS原位测序产品订购目录SP3001、SP3002和SP3003三款试剂盒是原位测序实验必须使用的通用试剂盒,可以打包整套订购,靶标探针个性化定制和Panel类型选择根据研究目标和需求进行选购,我们提供最快2周时间的个性化探针定制和发货,设备运行软件和生信分析配套软件均可免费下载使用。如果您对我们本次发布的产品或技术...