关于举办“第二期基于 AI 的蛋白质结构解析与设计专题(线上)培训...

现于青云瑞晶全面负责X-ray晶体学结构解析工作,有丰富的蛋白质结构解析经验,每年处理大分子晶体数据2000+,交付精修大分子晶体结构500+,精通用计算机脚本搭建结构解析管线,精通结构解析相关软件phenix、coot、CCP4、XDS、CrysAlisPro、DIALS及pymol。精通aphlafold2、aphlafold3、schrodinger、MOE等软件的...

ByteDance Research登Nature子刊:AI+冷冻电镜,揭示蛋白质动态

对于TRPV1通道蛋白（EMPIAR-10059），使用PDB:7RQW作为参考先验原子模型，cryoSTAR发现了蛋白外周可溶结构域的微妙而平滑的运动，每个亚基的运动可通过不同主成分可视化。研究还表明结构正则化在揭示膜蛋白动力学方面具有关键作用，相比之下，没有结构先验的方法如cryoDRGN在膜蛋白的动态解析方面存在不足。单...

诺奖热点| 10月24日“结构解析与结合动力学研究”线上研讨会

报告摘要:结合动力学生物层干涉技术原理及优势;结合动力学在结构生物学研究中的应用;结合动力学在AI蛋白设计中的应用,2024诺奖获得者DavidBaker课题组案例解析。会议详情如下:

人工智能助力破解蛋白质结构密码,2024年诺贝尔化学奖解读

贝克的研究团队首先提出一个全新结构的蛋白质，然后利用Rosetta计算哪种氨基酸序列可以生成所需的蛋白质。为了验证该软件的成功率，贝克的研究小组将软件建议的氨基酸序列基因引入细菌，这些细菌生产了所需的蛋白质。然后，他们利用X射线晶体学确认了蛋白质结构与他们的设计几乎完全符合。该成果于2003年发表。此后，他的研...

AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评

帮助解析了竞赛中涉及到的、实验多年没拿到的X射线晶体和cryo-EM冷冻电镜结构,比如T1058的膜蛋白是用了Alphafold2的预测模型之后,才跟原有晶体学数据综合成功解析了结构。AlphaFold2团队的JohnJumper报告表明,他们使用了基于注意机制的神经网络,动态调整网络中节点的顺序和链接;依靠的是端到端的优化整体构建结构,而不...

超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用

在AlphaFold出现之前,往往需要耗费整个博士生阶段,并花费数十万美元,才能解析一个蛋白质的精确三维结构(www.e993.com)2024年11月25日。而AlphaFold2仅仅用了不到3年时间就已经成功预测了数亿个蛋白质结构,几乎覆盖了地球上所有已知的蛋白质,以当前的结构生物学实验进度,完成这一工作量可能需要耗费十亿年时间。

2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项

蛋白质结构研究与诺贝尔化学奖随着许多蛋白质结构被解析,科学界考虑将这些信息进行存档以便利科研人员使用。1971年,在美国冷泉港实验室举办的一次蛋白质晶体学研讨会上,由布鲁克海文国家实验室汉密尔顿(W.Hamilton)倡导建立蛋白质数据库(ProteinDataBank,PDB),最初只包含7种蛋白质结构信息,是生命科学领域第一个开...

AI预测蛋白质结构获诺贝尔奖,谁该灰溜溜地走了?

今年的诺贝尔化学奖一半授予DavidBaker,以表彰他在蛋白质设计方面的贡献;另一半授予DemiseHassabis和JohnM.Jumper,以表彰他们在AI预测蛋白质结构方面的贡献。提到蛋白质结构,很多人能想到中国有不少科学家因解析出蛋白质的结构在《Cell》《Nature》《Science》等顶级期刊上发表了一大堆论文,其中个别人的CNS论文数量...

解读|为什么AI工程师预测蛋白质结构能获诺贝尔化学奖?

上世纪90年代末,戴维·贝克开始开发能够预测蛋白质结构的计算机软件:罗塞塔(Rosetta)。贝克所说,“如果你想造一架飞机,你不能从改造一只鸟开始;相反,你了解空气动力学的基本原理,并根据这些原理制造飞行器。”构建全新蛋白质的领域被称为denovodesign。研究小组绘制了一种具有全新结构的蛋白质,然后让罗塞塔计...

AI概念大热!诺贝尔化学奖授予蛋白质结构预测领域科学家

据介绍,蛋白质由20种不同的氨基酸组成,这些氨基酸可以被视为生命的构建模块。2003年,贝克成功利用这些模块设计出一种全新蛋白质。他开发了著名的Rosetta软件,极大地推动了蛋白质结构预测的进展。从那时起,他的研究团队创造了一个又一个富有想象力的蛋白质,包括可用于药物、疫苗、纳米材料和微小传感器的蛋白质。同时,...