华兴资本医疗与生命科技行业周报【Vol.335】
朗信医疗是一家专注于消化与代谢疾病防治的创新医疗器械公司,公司核心团队在光学、电子、结构、软件、算法、工艺等领域均具有深厚的技术储备,因此团队整体具有很强的快速学习与解决问题的能力,能够极大地缩短产品的开发周期并降低研发费用。海希生物完成千万级A轮融资,专注于临床血液检测近日,武汉海希生物科技有限公司宣...
准确性比AlphaFold2高6倍,BasecampAI模型,蛋白结构预测新突破
Basecamp表示,其模型BaseFold在更广泛的数据集上进行训练,可以产生比AlphaFold2更准确的蛋白质结构预测。BaseFold利用Basecamp专门构建的基础数据集,显著提高了大型复杂蛋白质结构和小分子相互作用的预测精度,其准确性比AlphaFold2高出六倍,并将小分子对接提高了三倍。对更大、更复杂的蛋白质进行更...
Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具
通过将DeepMSA2算法与AlphaFold2端到端结构训练模块的结合,该研究提出了蛋白质单体及复合物结构预测算法DMFold。DMFold算法包括两个部分,蛋白质单体结构预测算法DMFold-Monomer和蛋白质复合物结构预测算法DMFold-Multimer。三、结果分析(1)提升蛋白质单体结构预测精度这项研究首先在蛋白质单体预测问题上与AlphaFold2...
不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...
图|蛋白质结构水平(来源:MarkBelan)地球上已知的蛋白质有数亿种,未知的也有很多。它们承担着各种各样的功能:血红蛋白和肌红蛋白将氧气运输到肌肉和全身;角蛋白为头发、指甲和皮肤提供结构;胰岛素使葡萄糖进入细胞,转化为能量。蛋白质可以呈现出看似无穷多的形状,从而匹配它们在生命活动中执行的看似无穷多的任务。
...多尺度研究院马剑鹏团队在计算生物学取得突破,实现蛋白质结构...
图1.OPUS-DSD重构结构模型与传统冷冻电镜软件解析的模型对比。在虚线标示的区域中,OPUS-DSD重构的模型(绿色)比传统冷冻电镜软件解析的模型(紫红色)有更加完整的电子密度。这是因为OPUS-DSD能分开重构不同三维构象,而不会将其重叠在同一个三维模型中。
AI药物设计新突破 | 菲鹏数辉发布AI蛋白质动态构象模型Deep...
DeepConformer最具突破性的是以扩散模型(diffusionmodel)作为生成式AI框架,从蛋白质序列出发,直接预测蛋白质三维结构的多种动态构象和动态关联(www.e993.com)2024年9月7日。这一预测方法仅通过公开的蛋白质结构数据库,就能训练出不依赖于分子动力学模拟的蛋白质构象数据,结果与分子动力学模拟结果相近。
2024年中国细胞培养基行业需求现状分析 重组蛋白/抗体是主要的...
按下游应用分类:主要包括重组蛋白/抗体药物生产、疫苗生产、基因治疗/细胞治疗药物生产这三个方向。其中,抗体药物、基因治疗/细胞治疗药物生产用的培养基技术难度高、生产工艺复杂、个性化需求高、且价格偏高,属于技术门槛较高的细分领域。细胞培养基下游应用分布结构...
本期荐读丨李旭等:锦鲤浮肿病毒热休克蛋白的生物信息学分析
通过网站PSIPRED,在线分析出CEVHSP70的二级结构和三级结构。对蛋白质结构的研究无法避免对其结构域的预测,因为结构域也是蛋白质的重要组成部分,在较大蛋白质分子的比较中尤为常见。可以使用SMART软件进行HSP70结构域的在线预测,以此确定其空间结构。
Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...
通过将每个NMPF的共现Pfam结构域映射到其相应的COG功能类别,我们获得了额外的注释;这可用于提供每个家族基因邻近的进一步信息。NMPF在不同功能类别中的分布情况见补充图3-5。保守基因邻域表明存在功能耦合,因此可为推定功能预测提供更多信息。因此,在78%的scaffolds中发现F004468家族与核糖体蛋白...
Nature 子刊:Tau/PSD-95调控突触后致密蛋白相分离
研究通过选择核磁共振信号衰减最强的Tau片段Q244-N255和G304-D314(分别称为Tau_R1和Tau_R3)(图3C),并使用结构预测软件AlphaFold242对PSD-95_SH3-GK进行作用结构预测。根据Alphafold2预测的3D结构结果显示,PSD-95的GK结构域通过由GMP结构域(GMP-BD)和CORE/LID结构域形成的结合域与Tau相互作用(图3D)。该结合域...