超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用
这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻译后修饰和离子对这些分子系统的结构影响,从而帮助我们在原子水平上精确地观察生物分子系统的结构。这种用计算机解析蛋白质与其他分子复杂相互作...
Nature Methods:基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动临床...
可以通过基因或蛋白质名称查询与该蛋白质相关的变异数据、序列信息及结构数据。此外,还可以上传自己的变异注释或功能评分数据,将其与目标蛋白质的结构相映射,从而为变异的结构-功能关系研究提供支持。G2P平台的数据整合流程、功能模块和其动态交互式数据分析的核心框架(Credit:NatureMethods)模块划分:G2P平台由...
清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法
基于结构的方法如GraphBind利用图神经网络(GNN)来提取蛋白的序列和结构特征,并以此来识别蛋白质分子中哪些氨基酸残基与核酸的结合位置。然而基于结构的方法需要准确的蛋白质结构作为模型的输入,因此,目前基于蛋白质序列的DNA结合位点的预测仍然是一个具有挑战性的问题。田博学课题组于2024年1月在BriefingsinBioinformatic...
科学家开发生成式AI模型,可准确预测蛋白质-配体复合体结构
它把包括语言模型、视觉模型、生物学的归纳偏置等在内的建模思想,整合到一个大模型中,成功实现蛋白质结构预测。即便如此,AlphaFold依然存在较大的局限性。具体来说,该系统虽然可以良好地预测整个人类蛋白质组的蛋白单体结构,但如果想借助它在精准医疗、药物设计等领域产生根本上的影响,还需要能够预测蛋白-蛋白之间...
《食品科学》:湖北工业大学周彬教授等:pH值偏移对麦谷蛋白结构的...
蛋白质的二级结构分析从图7可知,Glu在1637、1525cm-1附近有2个明显的吸收峰,分别为酰胺I带的C=O和酰胺II带的N—H振动引起的。另外在3300cm-1附近有较宽的吸收峰,这归因于羟基的伸缩振动。其中,酰胺I带对蛋白二级结构的影响最具价值,因此对酰胺I带进行研究且通过拟合后发现酰胺I带可获得4个...
牵手礼来和诺华,谷歌旗下AI公司原子级预测蛋白质三维结构
JohnMoult等生物学家创立了CASP(蛋白质结构预测大赛),来衡量预测蛋白质结构的结果准确性(www.e993.com)2024年11月3日。测试的主要指标是GDT(氨基酸残基在阈值范围内与正确位置的百分比),如果GDT能达到90分以上就可以被认为与实验方法无异。在2020年11月公布的最新一届CASP评估结果中,AlphaFold系统总分为92.4GDT,这意味着预测平均误差约为1.6埃...
AI+Science新视野:用物理信息引导AlphaFold 2预测蛋白质动力学
图1:研究方法示意图:根据物理知识筛选MSA中的序列,引导AF2预测蛋白质的不同构象状态。2.蛋白质折叠的能量面与阻挫美国国家科学院院士、莱斯大学的PeterG.Wolynes教授(本文的合作者之一)及其同事在20世纪80年代提出的蛋白质能量面理论,为预测蛋白质结构与动力学提供了基本的物理学原理:蛋白质折叠可以被看作是...
Nature|Alphafold 3.0:AI 蛋白质预测器的升级
②全新DiffusionNetwork:类似于AI图像生成器中的扩散网络,它从"原子云"开始,通过多轮迭代细化,最终聚焦于精确的分子结构。③简化的Pairformer和Diffusion模块:相比AlphaFold2使用的复杂方法,AlphaFold3引入这两个新组件来简化流程,从而更高效、准确地预测蛋白质及其他类型分子。二、复杂结构的预测精度AF3可以预测输入...
Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具
三个MSA生成模块都遵循类似的逻辑:首先在序列数据库检索初始的查询序列,如果未获得足够的有效序列,则对更大的数据库进行迭代搜索。最后利用AI深度学习预测的蛋白质结构置信打分对三个模块收集到的原始MSA进行排序,选择出最佳MSA。图4.DeepMSA2蛋白质单体MSA构建算法(DeepMSA2-Monomer)。
Cell | 结构之美:探索结构生物学的真相与幻象
结构是模型,非实验现实AlphaFold2的影响与局限AlphaFold2的出现标志着结构生物学领域的一个重大突破,提供了一种通过人工智能预测蛋白质结构的方法。尽管AlphaFold2在蛋白质结构预测方面取得了显著成就,但我们必须认识到,这些结构仍然是基于计算模型的预测,而非直接从实验数据中获得。这意味着,尽管这些模型在结构预测方面...