中科院动物所金坚石组综述16S rRNA基因扩增子测序技术的前世今生

以下是大多数已发明的16SrRNA基因扩增子测序方法的标准流程：通过一对靶向16SrRNA基因保守区域的通用引物扩增菌群中细菌的16SrRNA基因，并利用高通量测序平台测序获得所有扩增的16SrRNA基因的序列。高通量的16SrRNA基因扩增子测序方法有以下优点：该方法基于16SrRNA基因的扩增，因此可以适用于未培养的细菌或低生物...

国产基因测序仪,在夹缝中爆发

华大智造的DNBSEQ-G99,是目前全球中小通量测序仪中速度最快的机型之一,12小时可完成PE150测序,适用于小样本量的肿瘤靶向测序、小型全基因组测序、低深度WGS测序、个体识别、16s宏基因组测序等多种应用。而万众一心的MICRO-ATGC,用无磁珠测序法,利用电信号代替传统光学信号,实现高速电子测序。再来看功能。基因测序仪...

华智产品汇:微生物16S rDNA扩增子测序技术服务

华智产品汇:微生物16SrDNA扩增子测序技术服务华智生物技术有限公司2024-05-2816:12·湖南0打开网易新闻查看精彩图片打开网易新闻查看精彩图片打开网易新闻查看精彩图片点击查看全文特别声明:本文为网易自媒体平台“网易号”作者上传并发布,仅代表该作者观点。网易仅提供信息发布平台。

北京大学申请基于深度学习的16SrRNA基因测序引物设计方法及系统...

金融界2024年4月16日消息,据国家知识产权局公告,北京大学申请一项名为“基于深度学习的16SrRNA基因测序引物设计方法及系统“,公开号CN117894372A,申请日期为2024年1月。专利摘要显示,本发明提供一种基于深度学习的16SrRNA基因测序引物设计方法及系统,涉及引物设计技术领域。首先获取目标细菌群落相关的属列表,基于属列表...

Zoonoses原创论文 | SPRI技术在高通量全长16S rDNA测序文库构建中...

结果表明,在初始样品量为500ng时,不同SPRI珠比例之间的回收率没有显著差异。在初始样品量为3000ng时,孵育时间为10分钟时回收率最高。在不同初始样品量下,不同洗脱时间之间的回收率没有显著差异。图1.孵育时间优化实验结果。该图显示了不同孵育时间下的DNA回收率。实验结果表明,当初始样品量为3000ng时,...

iMeta | 北大深圳医院桂耀庭组揭示弱精子症患者精浆微生态的动态...

16SrDNA测序数据的质量控制是保证微生物组分析可靠性和重复性的关键步骤(www.e993.com)2024年11月8日。本研究首先对原始序列数据进行处理,去除低质量序列和适配序列。在最初的数据处理中,我们使用了一系列生物信息学工具,包括FLASH(v.1.2.11)、fastp(v.0.20.0)和Vsearch(v.2.15.0)来完成特定的任务,如合并配对末端reads、质量过滤和...

微生物组-扩增子16S分析和可视化(2024.10)

图6.扩增子分析流程金字塔,数据量从下向上逐渐减少扩增子流程如下:实验设计的编写Illumina测序数据的质控:fastqc,mulitqc质控流程:双端序列合并、切除barcode和引物、质控生成OTU/ASV:序列去冗余、聚类clust_otu生成OTU或unoise3去噪生成ASV(AmpliconSequenceVariants)...

华大智造DNBSEQ-G99基因测序仪入驻印度斋浦尔实验室:助力癌症精准...

凭借快速测序、双载台灵活上机及操作简单等优势,能够高质稳定地产出数据,适用于小样本量的肿瘤靶向测序、小型全基因组测序、低深度WGS测序、个体识别、16s宏基因组测序等多种应用,数据产出高效且优质。当前DNBSEQ-G99可在12小时内完成PE150测序,结合全新一代的StandardMPS2.0测序试剂,DNBSEQ-G99RSPE300及以下读...

【云飞杂记】真菌传之测序

回到20世纪70年代,乌斯等人对大量原核生物的16SrRNA和真核生物的18SrRNA的核苷酸序列进行测定,发现三域生物间的序列相似性都低于60%,而域内的序列相似性高于70%,据此提出著名的“三域学说”。他认为生命由细菌域、古菌域和真核生物域构成,并构建了生命进化总树。之后,该学说经过其他学者以其它序列保守的基因用于...

iMeta | 齐碳纳米孔测序助力揭示桑黄多酚抗结肠炎肠道分子机制

为了评估肠道菌群对SH抗结肠炎作用的贡献,团队进行了16SrRNA基因测序分析,以评估SH治疗对肠道菌群的影响。DSS诱导结肠炎小鼠肠道菌群α-多样性明显低于正常小鼠(p<0.05)。低剂量和高剂量SH处理均显著增加了α-多样性(p<0.05,p<0.01)(图1E)。主坐标分析(PCoA)和层次聚类分析显示,SH处理使肠道菌群向正常...