因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质
血红蛋白把铁原子包裹起来,铁原子跟氧气结合,通过这种方式把氧气运输到各个细胞里面去。最右边的蛋白(朊蛋白)跟疯牛病有关系,这里显示了朊蛋白两种不同构型,左边的构型是正常的折叠状态,右边的是不正常的折叠状态。如果朊蛋白的折叠是右边这个形状的话,就会引起疯牛病。所以,蛋白质结构是个非常重要的问题。蛋白质...
蛋白质设计师David Baker:我喜欢做那些“魔法”般的事
蛋白质设计会与DNA、RNA或者其他材料的设计结合起来吗?Baker:是的,将蛋白质设计与DNA折纸相结合,会是一个很有趣的方向。我们也在设计能与无机材料相结合的蛋白质。比如,我们正在尝试用蛋白质来调控无机晶体的生长。这也许可以应用于半导体制造等领域。NSR:你们的设计已经有产业应用了吗?Baker:有。我们创建了几...
专访博德研究所计算科学家邵斌:用DNA语言模型破译和设计生命丨...
其次是我们可以用它来帮助理解噬菌体基因组,挖掘一些噬菌体基因组中基因的具体功能,包括如果基因有一些突变(mutation),会怎么影响蛋白质功能,我们也做类似的,基础性的研究工作,发现这个模型也有一些应用价值。主要是从两方面去探讨它的性能。未来百科:在模型的训练与搭建方面,你得下一步计划是什么,会从现在的噬...
AI 成功改写人类 DNA:全球首个基因编辑器开源,近 5 倍蛋白质宇宙...
然后,研究者进一步将关注范围缩小到CRISPR-Cas9系统,并在CRISPR-Cas图谱中的238,917个Cas9蛋白上,训练了蛋白质语言模型。使用这些模型,研究者生成了可与SpCas9互操作的Cas9样蛋白。也就是说,它们与基因组的相同部分(PAM)结合,并与相同的sgRNA相容,因此,它们可用于相同的应用。研究者选择了...
Nature Methods | 突破蛋白质功能研究瓶颈:ORFtag高效标记与筛查...
在该研究中,研究人员通过三种不同的筛查方法验证了ORFtag的效用:转录激活因子筛查:将蛋白质与细菌四环素阻遏蛋白(TetR)的DNA结合域融合,使其能够招募到整合的绿色荧光蛋白(GFP)报告基因上游的TetO结合位点。通过荧光激活细胞分选(FACS)筛选出GFP表达增加的细胞,鉴定出转录激活因子。
王传超:2023年中国人群古DNA和古蛋白研究代表性成果及进展评述
2023年,中国古代人群DNA和古蛋白研究取得了一系列新进展,研究者们揭示了5100年来青藏高原人群的演化历史,重建了历史时期河西走廊人群历史,追溯了新石器至青铜时代川滇先民的来源,也通过稳定同位素和古蛋白质组分析讨论了史前人群饮食和健康状况变化等,古DNA也被应用于墓葬个体亲缘关系鉴定和法医陈旧降解检材的亲缘关系...
不只是 AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生
它已经启发了新的算法,包括设计自然界中不存在的新蛋白质的算法;新的生物技术公司;以及新的科学实践方式。它的后继者AlphaFold3于2024年5月发布,通过模拟蛋白质与其他分子(如DNA或RNA)结合的结构,进入了生物预测的下一个阶段。“这是科学领域中有关机器学习的最大的故事。”AlQuraishi说道。然而...
Cancer Cell:顾伟/刘彦卿等2万字长文综述全面总结p53领域研究进展
局部的染色质结构和表观遗传状态在决定p53的DNA结合和有效转录激活方面也起着至关重要的作用。在胶质母细胞瘤中,BRD8通过在p53靶基因位点招募组蛋白变体H2AZ来维持抑制性的染色质状态,从而阻止p53的结合。而TRIM24可以同时结合p53和未甲基化的H3K4,阻止p53打开染色质。p53还可以与其他临近结合的TF合作建立易接近的...
【陈巍学基因】视频:PACE 噬菌体辅助基因连续进化方法
作者让Bt蛋白先演化到能与2号蛋白结合,再演化到能与3号蛋白结合。用这个中间状态的2号蛋白来做一下过渡,分解BT蛋白演化差异的办法,就是“垫脚石”策略。二、实用案例在知道了PACE的工作原理之后,我觉得更重要的是讲如何用这个方法去改造各种各样的蛋白。也就是说,通过几个实例,展示如何把...
鲁白:我们要做出真正一流的基础研究,还有很长一段路要走
因此,一个基因就对应着一种蛋白。这是一个非常重要的研究,把整个关于RNA的研究向前推进了一步。第三个重要的人叫弗雷德里克·桑格(FrederickSanger),当时还很年轻的他发明了一个办法来对蛋白质进行测序。他首先测的是胰岛素,测完后发现蛋白质展示出来是一条链。他的这项研究后来获得了诺奖,而到了80年代,他...