谷歌DeepMind再放大招!AlphaProteo直接设计全新结合蛋白,加速药物...
-导出高质量图像3、使用PyMOL制作蛋白质配体结合位点信息-识别蛋白质与配体的相互作用-突出显示配体结合位点残基-在结合位点生成表面模型-制作配体结合位点的特写图4、使用PyMOL调查蛋白质的温度因子B-factors-显示温度因子putty图-分析柔性域和稳定域-与酶活性中心和功能位点的关系5、使用PyM...
Tris缓冲剂如何优化酶反应条件
在复杂的酶反应体系中,酶与底物之外的其他分子(如容器壁、杂质等)之间可能发生非特异性结合,导致酶活性降低或丧失。Tris缓冲剂中的某些成分可以与这些非特异性结合位点相互作用,从而减少它们对酶活性的影响,提高反应的特异性和效率。三、应用策略与注意事项1.精确调节pH值在优化酶反应条件时,首先需要确定酶的最...
RNA指导的重组酶,揭开基因编辑新篇章
在这个舞蹈中,DBL(供体结合环)和TBL(靶点结合环)是舞者的两只脚,分别负责与dDNA(供体DNA)和tDNA(靶点DNA)配对。而重组酶的活性位点就像是舞台上的焦点,负责执行精准的剪切动作。研究还揭示了重组酶中的疏水氨基酸如何使DNA双链不稳定(不稳定指的是DNA双链的结构变得不够紧密或稳定,可能导致双链部分的解开或局部...
...创新团队:根皮苷与胃蛋白酶和胰蛋白酶结合亲和力及抗氧化活性...
胃蛋白酶和胰蛋白酶是主要的消化性蛋白酶。胃蛋白酶是一种天冬氨酸蛋白酶,其分子质量为35kDa。它经常被用于消化模型中,以揭示生物化合物对其结构构象的影响。胃蛋白酶与芦丁等黄酮类化合物的相互作用已被广泛地研究。其中,芦荟大黄素与胃蛋白酶的结合降低了其抗氧化活性。胰蛋白酶是一种丝氨酸蛋白酶,相对分子质量...
纳米酶:理论内涵、发展前景及政策建议
纳米酶是指具有类酶催化活性的纳米材料。随着纳米酶理论和应用研究的深入,其内涵和外延也不断深入和扩展,如今纳米酶被认为是一类新型生物催化剂。此前,纳米材料的纳米效应是指因其纳米尺度而表现出的电、磁、光、声等物理特性方面的效应。例如,量子点因其纳米尺度赋予的光学效应而具有发光特性,被应用于生物检测、...
干货| 酶切实验切开 or 切不开,真的是玄学吗?
转自:诺唯赞生物DNA限制性内切酶酶切是一项基于DNA限制性内切酶的基因工程技术,限制性内切酶能特异地结合于一段被称为限制性酶识别序列的DNA序列之内或其附近的特异位点...
各种HIV药物的“前世今生”
HIV-1逆转录酶抑制剂分为核苷类和非核苷类。核苷逆转录酶抑制剂(NRTI)与天然核苷底物竞争并充当原病毒DNA合成的终止子,非核苷逆转录酶抑制剂(NNRTI)与靠近逆转录活性位点的疏水口袋结合,还执行反逆转录翻译功能(如图3所示)(Magaetal.,2010)。1987年,第一个核苷类逆转录酶抑制剂齐多夫定(AZT)获得批准。然...
酶工程技术:提升食物品质 守护“舌尖健康”
路福平举例说,为了提高反应速率,工业生产中经常需要食品酶具有耐高温的特性。利用计算机模拟和大数据分析,寻找食品酶的活性位点和影响酶热稳定性的关键氨基酸残基,科研人员就可以进一步对其进行理性设计,从而获得耐高温的酶分子。同样的,还可获得耐碱性、耐酸性以及催化效率提升的新型酶分子。除了对已有食品酶进行改造,...
100%降解,中国科学院团队基于AI计算策略设计新水解酶
酶降解是生物降解的一种重要方法,其主要基于某些微生物产生的能够降解PET的水解酶,酶通过活性位点与PET结合,并在活性位点的催化作用下降解PET,将其分解为小分子,而且降解过程中通常不会产生污染物,是更具前景、绿色环保的PET降解方式。当前,使用酶对PET进行降解已成为塑料循环经济中的重要方法之一...
苹果酸酶2琥珀酰化调控结直肠癌发展的新机制被发现
接着作者通过ME2K346位点突变前后的结构模拟分析,发现K346位点位于L-苹果酸(底物)和NAD+(辅酶)进入的关键通道前面,带正电的氨基酸能够使酸性底物更容易进入活性口袋。ME2K346R(模拟去琥珀酰化)将周围环境变成了带正电,从而增强了ME2与NAD+及L-苹果酸的结合能力,而ME2K346E(模拟琥珀酰化)由于周围环境带...