中国科大发现人类磷脂翻转酶ATP8B1的新型调控机理
在生理底物结合时,ATP8B1的自抑制状态将被解除。进一步的酶活实验发现,在生理环境中大量存在的胆酸盐能够极大地增强ATP8B1的酶活,表明胆酸盐在ATP8B1的活性调控中起着重要作用。结构分析发现,ATP8B1胞内的P结构域上具有一个独特的带正电的柔性结构(P-loop)与胆酸盐响应密切相关。这些研究结果阐明了ATP8B1介导的胆酸...
中国科大揭示Lon蛋白酶在单个蛋白水解位点对底物进行持续切割
Lon组装成同源六聚体复合物,每个单体中包括共价连接的N端区域、AAA+(与多种细胞活动相关的ATP酶)域和蛋白酶域。晶体结构表明,AAA+和蛋白酶结构域形成一个封闭的腔室,六个ATP酶位点朝外,六个蛋白水解活性位点朝内。已有研究表明了与共价抑制剂结合的蛋白水解活性位点的结构,然而,与蛋白酶活性位点结合的底物结构尚未...
祖先序列重构拓展三萜2"-O-糖基化酶底物谱| 清华大学李春联合北...
分子动力学模拟和量子力学计算进一步揭示,RTAS可影响酶-底物结合能和相互作用模式,从而调控UGT91Hs的底物特异性(图5)。具体而言,RTAS突变体与底物形成了更多的氢键和疏水相互作用(图5a);在UGT91H8_6mu的模拟体系中,S212与二糖上的鼠李糖单元形成稳定的氢键,而野生型酶无法形成这一关键相互作用(图5b);...
《食品科学》:徐州工程学院高兆建教授:抗真菌内切几丁质酶酶学...
ChiA-Sa62在pH4条件下以胶体几丁质为底物,最适温度为50℃(图6a),低于报道的Streptomycessp.CS495与S.chilikensisRC1830几丁质酶最适温度(60℃),与文献报道的Aspergillusterreus几丁质酶一致,但显著高于多株同样来源于链霉菌属的几丁质酶最适温度,如S.alfalfaeACCC40021(45℃)、S.olivaceusMSU3(40...
纳米酶:理论内涵、发展前景及政策建议
纳米酶的发现可谓“出乎意料”,原本阴性对照组中的纳米粒子,竟然与酶的底物反应,并产生如同天然酶一样的产物。从这个意料之外且不合“常理”的现象出发,研究人员首次从酶学视角,通过与材料学、化学、物理学和酶学领域专家展开合作,对不同粒径、不同表面修饰的多种纳米材料在不同温度和pH条件下的催化反应动力学进行...
中国科大解析Lon蛋白酶的完整三维结构并揭示其底物识别与转移的...
然而最近的底物结合AAA+蛋白的冷冻电镜结构不支持上述简单的一步转换模型,认为其ATP酶结构域围绕中心定位的底物多肽链以螺旋梯状排列,包括最近人源和鼠疫耶尔森氏菌Lon蛋白酶的冷冻电镜结构均支持持续性旋转机制(www.e993.com)2024年10月6日。但在这些工作中,用于重构的细菌Lon是一个Walker-B突变体;而人源Lon的结构则显示了不同的底物结合方式...
纳米酶:结合天然酶和人工催化的力量
另外,纳米酶催化的是天然酶的底物,其酶促反应动力学和催化机制与天然酶相似,对底物具有选择结合能力,而且能够作为天然酶的替代品,用于人类健康。与此同时,纳米酶的出现使人们对纳米效应的认知从物理学、化学拓展到生物学。纳米酶同时也丰富了纳米生物学的内涵,使该领域研究人员从研究“生物与纳米材料”相互作用,发展...
Science丨施一公/周瑞团队揭示γ-分泌酶识别并切割底物的分子机制
由于酶与底物的结合-酶切-解离的过程极其动态,获得酶与底物的复合物结构难度非常大,作者引入了两个策略:1.经过大量筛选,分别在底物近膜区和酶NCT亚基上引入半胱氨酸突变,通过二硫键交联稳定复合物;2.将酶催化残基之一385位天冬氨酸(Asp385)突变为天冬酰胺(Asn),既防止底物的切割,又可以模拟催化水解的中间状态。
研究揭示底物磷酸基团在转酮酶催化中的多重功能
转酮酶(TK)是磷酸戊糖途径和卡尔文循环中的关键酶,可逆性催化供体磷酸酮糖到受体磷酸醛糖的2碳单元转移。转酮酶反应机理可概括为:(1)供体底物X5P与辅酶ThDP的共价结合;(2)底物C3-OH的去质子化导致C2-C3键断裂和第一产物释放;(3)烯胺中间体与受体底物R5P反应形成下一个共价中间体S7P-ThDP;(4)S7P-ThDP...
...团队基于深度迁移学习鉴定了全蛋白质组范围人去泛素化酶-底物...
蛋白质之间的相互作用往往由特定结构域和motif介导。作者基于TransDSI模型发展了一个可解释性模块,通过观察敲除特定序列片段对“TransDSI分数”的影响,在预测去泛素化酶-底物相互作用的同时推测决定相互作用的关键区域(图3a)。图3b展示了DNMT1与去泛素化酶USP7结合过程中DNMT1自身序列上每个残基的重要性。TransDSI预测...