组学思路中药2区: 蛋白质组和代谢组学等揭示防己提取物成分改善类...
蛋白质组学结果表明,STE可能通过下调心肌细胞特异性增强因子2(MEF2d和MEF2c)、几丁质酶-3样蛋白-1(Chi3l1)和肽基脯氨酰顺反异构酶A(PPIA)来降低PI3K和AKT蛋白的表达水平。AKT的低表达可以下调细胞色素β-245轻链(Cyba),从而激活抗凋亡途径。此外,STE下调SH2B衔接蛋白1(SH2B1)和酪氨酸蛋白激酶(FGR),通过Akt的...
Cell 50周年专刊 | 时空组学在生物学和医学领域的新机遇
虽然转录组显著提升了我们对基因表达和调控的理解,但这也仅是单层信息,目前时空组学在其他组学检测方面,包括基因组学、表观组学、翻译组学、蛋白质组学和代谢组学相关的技术不断出现,实现在时空维度对DNA序列、调控元件、转录后调控、蛋白质功能和代谢途径的深入理解。在时间分辨率方向,虽然目前的时空研究主要限于连...
蛋白质组学如何挑选差异蛋白的优势:精准鉴定与差异分析
差异蛋白质组学研究旨在鉴定和比较不同样品或条件下的蛋白质组差异,从而了解生物体内蛋白质的表达调控和功能变化。蛋白质组学作为一种精准的分析方法,为我们揭示了生物体内蛋白质组的变化和功能特征。1.蛋白质组学挑选差异蛋白的原理蛋白质组学挑选差异蛋白的原理是通过对比不同样品或条件下的蛋白质组,发现在表达...
TMT定量蛋白质组学:从多样本比较到差异蛋白筛选的关键步骤
差异蛋白筛选是TMT定量蛋白质组学的核心分析步骤,可以通过比较不同样本间的蛋白质表达水平,找出差异显著的蛋白质。最后,对差异蛋白进行功能注释和通路分析,揭示其在生物学过程中的重要作用。四、TMT定量蛋白质组学的应用前景TMT定量蛋白质组学在生物医学研究和药物开发中具有广泛的应用前景。它可以用于疾病标志物的发...
FSHW | 用无标记蛋白质组学方法研究驴和牛初乳乳清蛋白的差异表达
使用基于无标签的比较蛋白质组学方法从德州驴乳中鉴定了216种乳清蛋白,其中19种在高产乳样品中表现出显著差异。目前的研究多集中于驴乳蛋白质在不同物种间的比较,而对不同物种间牛乳蛋白质的比较,特别是驴初乳和牛初乳乳清蛋白的比较研究还很有限。因此,本研究的目的是利用基于高效液相色谱-串联质谱仪(HPLC-MS/...
...内蒙古农业大学吉日木图教授等:不同年龄驼肉蛋白组成的差异分析
2不同年龄组驼肉主成分分析(PCA)使用SIMCA软件对定量的蛋白质数据进行对数和中心化处理,建立PCA模型(图2)(www.e993.com)2024年9月7日。结果表明,各组蛋白质谱在PC1和PC2方向上存在差异,总贡献率达到67.1%。3个不同年龄段I、II和III组样本间有明显的分离趋势,表明3个年龄组间蛋白质谱有明显变化,且均有显著差异。
华工/复旦/南方医团队开发基于水凝胶的类器官,登上Science子刊!
此外,与Matrigel相比,UCEM表现出更高的人类宫颈组织特异性蛋白丰度。核心基质组分析显示,UCEM中存在各种人类ECM核心基质组和核心基质组相关蛋白,包括胶原蛋白、糖蛋白、蛋白多糖、ECM调节因子、ECM附属蛋白和分泌因子。这些蛋白质的功能分类基于COG/KOG数据库,主要与蛋白质修饰、信号转导和囊泡运输有关。利用GO富集进...
Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...
然而,这两种方法在基因功能注释方面都有相同的主要局限性,即依靠与参考蛋白质数据库(如COG、Pfam和KEGGOrthology)的同源性搜索来预测功能。因此,在组装的宏基因组数据中预测出的基因如果没有映射到参考蛋白家族,通常就会被忽略,并从后续的比较分析中剔除。为了消除这种对参考数据集的依赖,并估算出未探索的功能多...
The Innovation | 高通量深度蛋白质组学助力阿尔茨海默病早期诊断...
接下来,作者为了实现通过异常表达蛋白区分MCI和正常对照组,基于脑脊液蛋白组学数据构建了一个随机森林机器学习模型,通过模型优化和蛋白挑选,最终,一个由19个蛋白质组成的组合被确定为脑脊液早期诊断生物标志物组合(图3A),并在测试集中展现出了很高的准确性,AUC达到0.984(图3B)。
中科院1区-齐鲁工大:综合空间代谢和转录组学揭示蟛蜞菊内酯和去...
我们利用具有肝脏特异性荧光蛋白表达和可视化特性的转基因斑马鱼,在荧光显微镜下准确分离斑马鱼肝脏,确保肝脏样本采集的准确性和转录组学分析的针对性。与对照组相比,我们在TAA诱导的NAFLD组共鉴定出5587个差异表达基因(DEGs),其中2664个上调,2923个下调。与NAFLD组相比,WEL处理组表现出1408个DEGs(619个上调和789个下调)...