Nature Methods | 精准基因比对新突破:Genes2Genes框架助力单细胞...
与传统方法不同,G2G允许在参考轨迹和查询轨迹之间同时捕捉匹配和不匹配的基因状态,包括基因表达的插入和删除。通过这种方式,G2G能够识别序列中关键的基因差异,尤其是那些在体外实验和体内生物系统之间表现出显著差异的基因。单细胞测序技术的应用已经极大地推动了细胞状态转变的理解,特别是在分化和疾病模型中。然而,如何...
肺发育的奥秘,快来了解下吧!Cell Research,单细胞RNA测序解锁肺...
自第4周起,便观察到明显的近端-远端表达模式,直到第6周后SOX2hi/ETV5lo上皮细胞中远端因子显著下调,而SOX2和SOX9在这两个细胞群体中一直共表达(图2e-f),这表明近端特异性大约在第6周开始形成。由此得出结论,肺上皮细胞的近端-远端模式自第4周起就开始形成,并由不同的转录因子组合引导。图3:多种基质细胞...
克服肺癌脑转移靶向治疗耐药有了新方案,华山医院发表研究成果
此项发现是基于对肺癌脑转移患者的肿瘤样本进行的研究,团队收集了31例涵盖不同基因突变和靶向治疗过程的肺癌脑转移肿瘤样本,使用单细胞转录组测序技术,在单个细胞分辨率上检测基因表达情况,详细分析肿瘤中免疫细胞的功能状态。研究发现,使用靶向治疗后,虽然肿瘤中能够识别并杀伤肿瘤细胞的免疫细胞T细胞的数量增加了,但同时...
【单细胞测序系列】BUFF叠满的粘膜相关不变T细胞(MAIT)检测:多色...
②在HIV-1感染过程中,MAIT细胞上抑制性受体表达上调和IFN刺激基因激活状态为了明确在HIV-1感染期间MAIT细胞的表型和分子特征。通过流式方法实现检测多个细胞表面marker,会有较高的检测难度。而通过带有oligo寡核苷酸的抗体能够在单细胞测序实验中同时细胞表面marker和全转录组检测,所以本文在BDRhapsody平台上使用寡聚偶...
Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
人体中,超过90%的基因(genen)会发生可变剪接,并生成至少两种不同的表达形式(转录本x,y)。相比于long-read测序可以直接测到每一种不同的转录本,从而获得更全面的信息,short-read的测序在检测转录本上受限于短reads比对的模糊性。在short-readcDNA测序中,有很多reads比对回两个不同转录本共享的外显子上导致无...
克服肺癌脑转移靶向治疗耐药,有了新方案!|免疫|肿瘤细胞|华山医院...
此项发现是基于对肺癌脑转移患者的肿瘤样本进行的研究,团队收集了31例涵盖不同基因突变和靶向治疗过程的肺癌脑转移肿瘤样本,使用单细胞转录组测序技术,在单个细胞分辨率检测基因表达情况,详细分析肿瘤中免疫细胞的功能状态(www.e993.com)2024年10月18日。研究发现,使用靶向治疗后,虽然肿瘤中能够识别并杀伤肿瘤细胞的免疫细胞T细胞数量增加了,但同时这些...
科学家打造空间转录组分析新工具,能整合不同患者的空间数据
Starfysh解决了目前部分测序技术存在的低空间分辨率的缺陷。该方法可以将不同组织的空间转录组数据、以及对应的组织学图片加以结合,通过空间基因表达与组织学特征,针对不同位点的细胞类型与细胞状态比例进行预测。与其他空间转录组方法相比,Starfysh无需使用单细胞数据作为参考,因此在分析上存在较好的灵活性,对于分析...
成本下跌8个“0”!我的基因我来测,真的行吗?
一个六轴机械臂位于中心,不同的功能单元环绕着它,除此之外还有两条四轴机械臂“助手”辅助“主臂”工作,进行基因测序。它们旋转、停顿、放样、配合分秒不差、毫厘不偏。控温、指示、判读,一切发生在毫秒之间。最先进的基因测序流程已经几乎完全由机器掌控。指甲盖大小的芯片上,有成千上万个小反应器组成测序单元...
科学家打造空间转录组分析新工具,无需使用单细胞数据作为参考,能...
Starfysh解决了目前部分测序技术存在的低空间分辨率的缺陷。该方法可以将不同组织的空间转录组数据、以及对应的组织学图片加以结合,通过空间基因表达与组织学特征,针对不同位点的细胞类型与细胞状态比例进行预测。与其他空间转录组方法相比,Starfysh无需使用单细胞数据作为参考,因此在分析上存在较好的灵活性,对于分析罕...
cfDNA甲基化在器官和组织损伤检测中的强大力量
该技术基于一个核心概念:不同的组织和器官在其DNA甲基化谱中具有独特的表观遗传特征。因此,当这些组织或器官受损时,例如由于癌症、创伤或其他导致细胞死亡的疾病,它们会将cfDNA释放到血液中(图1A)。研究人员可以分析这些cfDNA样本中的DNA甲基化模式,并尝试将其与已知组织特异性DNA甲基化模式的参考数据库进行比较。