植物基因组文章分化最严重的一年即将到来!顶刊和末流SCI并存将见...
随着Pacbio最新测序仪Revio的全面商用,普通基因组物种测二代+三代HIFI+HIC的实验费用已不足2万,可以预见高质量染色体水平的基因组将越来越多。这对该领域的发文趋势有何影响呢?10前年做一个基因组需要投入上百万,可以发到NG,NC这个档次的期刊,现在费用降了90%以上,越来越多的基因组被报道,期刊的要求也水涨船...
华大智造支持非洲生物基因组项目开展首个植物物种测序
据了解,非洲生物基因组项目于2021年正式启动,隶属于地球生物基因组计划(EBP),也是万种植物基因组计划(10KP)的合作项目。该项目由109名非洲科学家(其中87人在非洲工作)和22个非洲组织共同开展,计划对当地105000个特有物种,包括植物、动物、真菌、原生生物和其他真核生物等基因组进行测序。作为非洲生物基因组项目的设...
孙庆申教授:植物乳杆菌L3的抗菌机制、全基因组测序和潜在功能预测
如图4b和表2所示,L.plantarumL3的基因组大小为3187020bp,GC含量为44.57%,共注释了3024个编码基因,序列长度为2679162bp,占基因组总长度的84.06%。该基因组仅含有0.13%的重复序列,通过以下方法进行分析RepeatMaskerv4.0.5软件分析。在全基因组中,发现了137个非编码RNA(ncRNA)基因,包括1...
银杏之境:近乎绝迹的谜题揭神秘面纱,基因测序曝惊人之事!
银杏的基因测序揭示了其悠久的进化历史。研究人员通过比对银杏的基因组与其他植物的基因组发现,银杏具有较为古老的起源,可以追溯到几千万年前。这表明银杏在地球上已存在了很长时间,经历了漫长的演化过程,并逐步适应了不同的环境条件。银杏作为一种古老的植物,其基因组中还存在许多原始基因,这些基因可能为银杏独特的生...
武汉植物园在第三纪孑遗植物保护基因组学方面取得新进展
和云南金钱槭7个种群40个个体进行重测序,ADMIXTURE分析将金钱槭划分为以长江为界的南北两个谱系,云南金钱槭分为三个谱系,位于蒙自县老寨乡的LZ、文山国家级自然保护区内的WS种群以及位于麻栗坡县的MLP种群(距离云南金钱槭主要分布地文山国家级自然保护区100多公里,为2017年重新发现)各自形成单独基因池,应作为独立保护...
首个对叶榕完整基因组发布
对叶榕是一种广泛分布于我国南方的植物(www.e993.com)2024年8月16日。近日,中国农业科学院深圳农业基因组研究所农业基因组学技术研发与应用创新团队发布首个对叶榕的完整基因组,修正了此前学界对其基因组测序绘制中存在的大量间隙和组装错误,大幅提升了对叶榕基因组的连续性、完整性和准确性,为榕属植物性别演化提供了重要资源。
时空日报 | 单细胞大规模多重微生物测序鉴定罕见细菌群落并分析...
8、空间转录组学开创植物研究新纪元SpatialtranscriptomicsdrivesanewerainplantresearchPlantJournal:forCellandMolecularBiology;IF:7.200;DOI:10.1111/tpj.16437内容概要:介绍了空间转录组学技术在植物研究中的应用,该技术可以实现单细胞分辨率下的细胞类型鉴定、细胞间相互作用和发育谱系分析。
抗癌第一本草-苦参基因组公布了!
本工作全球首次对药用植物苦参的基因组进行测序,鉴定了苦参中参与合成生物活性成分的基因,揭示了苦参在豆科植物中的进化轨迹,为苦参的品种鉴定及生物活性成分合成研究提供了遗传资源。(二)基因组测序、组装和注释采用第三代Nanopore测序技术结合NGS对苦参的基因组进行测序,接着利用Hi-C平台锚定到18条染色体,总长度为...
高校合作完成番荔枝全基因组测序揭示果实发育与风味形成的机制
主持国际兰科植物基因组计划。所主持的研究成果发表在Nature、NatureGenetics、NaturePlants、NatureCommunications、PNAS等国际顶级学术期刊;出版学术专著18部。获国家科技进步二等奖1项,省部级各种科技奖励等20多项。被授予深圳市“国家级领军人才”、“鹏城杰出人才”称号,科学中国人年度人物,为国务院特殊津贴专家。
PacBio HiFi 测序动植物基因组项目真实案例测评
单次测序中产生的随机测序错误,通过环形测序生成的一系列Subreads来进行自我纠错校正,最终得到高准确度的HiFiReads,这些Reads兼具长读长(10-20kb的长度)又具有高精度(>99.9%准确率),更适合于包括大型动植物基因组,全长转录组及宏组学等在内的多种组学研究。HiFiReads在基因组研究领域的优势体现基因组...